结论：国有企业以“不合格”为由不发绩效工资是否违法，需根据具体情况判断，包括考核制度是否合法、考核程序是否公正、员工是否确实未达到考核标准等。以下从不同角度详细分析：
一、考核制度的合法性
制度制定程序：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若国有企业未按照上述程序制定绩效工资考核制度，该制度可能因程序违法而无效，以此为由不发绩效工资则可能构成违法。
制度内容合法性：
- 考核制度的内容应合法合理，不得违反法律法规的强制性规定，也不得显失公平。
- 若考核制度中设定的“不合格”标准模糊、主观，或者与员工的实际工作内容、职责不匹配，可能导致该制度在内容上违法或不合理，从而影响不发绩效工资的合法性。
二、考核程序的公正性
考核过程透明：
- 国有企业应确保考核过程公开透明，让员工了解考核的标准、流程、结果等。
- 若考核过程缺乏透明度，员工对考核结果有异议时无法提出有效申诉，可能影响不发绩效工资的公正性。
考核结果公正：
- 考核结果应基于客观事实和证据，避免主观臆断和偏见。
- 若国有企业仅凭主观判断或未提供充分证据就认定员工“不合格”，并以此为由不发绩效工资，可能构成违法。
三、员工是否确实未达到考核标准
证据充分性：
- 国有企业应提供充分的证据证明员工确实未达到考核标准，如工作记录、业绩数据、客户反馈等。
- 若无法提供充分证据，仅凭口头陈述或主观判断就认定员工“不合格”，并以此为由不发绩效工资，可能缺乏合法依据。
员工申诉权利：
- 员工对考核结果有异议时，应有权提出申诉，并要求国有企业进行复核。
- 若国有企业拒绝员工申诉或未对申诉进行合理处理，可能影响不发绩效工资的合法性。
四、法律后果与建议
法律后果：
- 若国有企业以“不合格”为由不发绩效工资的行为被认定为违法，员工有权要求国有企业补发绩效工资，并可能要求支付赔偿金。
- 同时，国有企业还可能面临劳动行政部门的处罚，如警告、罚款等。
建议：
- 国有企业应确保绩效工资考核制度的合法性和合理性，遵循公平、公正、公开的原则进行考核。
- 员工在面对国有企业以“不合格”为由不发绩效工资时，应积极了解考核制度、考核程序和考核结果，如有异议及时提出申诉。
- 若双方无法协商解决，员工可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
总结：国有企业以“不合格”为由不发绩效工资是否违法，需综合考虑考核制度的合法性、考核程序的公正性、员工是否确实未达到考核标准等因素。如有疑问或需要进一步帮助，请直接向我咨询。