投标文件中联合体协议承诺存在问题，确实有可能导致代理公司专家废标，但具体是否废标需视承诺内容违反法律法规或招标文件要求的严重程度而定。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律法规层面
联合体协议的基本要求：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第三十一条规定，两个以上法人或者其他组织可以组成一个联合体，以一个投标人的身份共同投标。联合体各方应当签订共同投标协议，明确约定各方拟承担的工作和责任，并将共同投标协议连同投标文件一并提交招标人。
- 如果联合体协议中的承诺违反了法律法规的强制性规定，如联合体成员不具备相应的资质条件、联合体协议未明确各方责任等，那么该投标文件可能因不符合法律法规要求而被废标。
废标的法定情形：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例，废标通常发生在投标文件存在重大偏差或不符合招标文件实质性要求的情况下。如果联合体协议中的承诺构成了对招标文件实质性要求的违反，或者存在其他法定废标情形（如串通投标、弄虚作假等），那么代理公司专家有权废标。
二、招标文件要求层面
招标文件的约束力：
- 招标文件是招标活动的法律文件，对投标人具有约束力。投标人必须按照招标文件的要求编制投标文件，包括联合体协议。如果联合体协议中的承诺与招标文件的要求不符，或者未按照招标文件的要求提供必要的承诺或证明材料，那么该投标文件可能因不符合招标文件要求而被废标。
承诺的具体内容：
- 联合体协议中的承诺内容至关重要。如果承诺内容模糊、不明确或者存在歧义，可能导致代理公司专家在评标过程中无法准确理解联合体的意图和责任分配，从而影响评标结果。在极端情况下，如果承诺内容严重违反招标文件的要求或法律法规的强制性规定，那么废标将是不可避免的。
三、实际操作层面
评标专家的自由裁量权：
- 在评标过程中，评标专家享有一定的自由裁量权。他们可以根据招标文件的要求和投标文件的实际情况，对投标文件进行综合评估。如果联合体协议中的承诺存在问题，但问题并不严重或者可以通过澄清、说明等方式解决，那么评标专家可能不会直接废标，而是会要求投标人进行澄清或说明。然而，如果问题严重且无法解决，那么废标将是合理的选择。
投标人的应对策略：
- 作为投标人，在编制投标文件时，应仔细阅读招标文件的要求，确保联合体协议中的承诺内容符合法律法规和招标文件的要求。如果存在任何疑问或不确定之处，应及时向招标人或招标代理机构咨询并获取明确答复。此外，在投标前进行充分的内部审核和外部法律审查也是降低废标风险的有效措施。
建议：在参与投标活动时，务必确保联合体协议中的承诺内容合法、合规且符合招标文件的要求。如果对相关法律法规或招标文件的要求存在疑问，建议及时咨询专业律师或招标代理机构以获取准确答复和指导。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。