结论：是否算废标需根据招标文件的具体要求以及相关法律法规综合判断。若招标文件明确规定上传文件必须注明联合体单位，而实际未注明，则很可能被认定为废标；若招标文件未明确规定，则需结合其他因素综合判断。
详细分析：
招标文件的具体要求：
- 招标文件是招标活动的法律性文件，其中明确规定了投标文件的格式、内容、提交方式等要求。如果招标文件明确要求上传文件（如投标函、授权委托书等）中必须注明联合体单位，而实际提交的投标文件未注明，那么根据招标文件的规定，该投标文件很可能被认定为不符合要求，从而被废标。
- 反之，如果招标文件未明确要求上传文件必须注明联合体单位，或者仅要求在投标文件的其他部分（如联合体协议书）中注明，那么上传文件未注明联合体单位可能不会直接导致废标。
相关法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，投标文件应当符合招标文件的要求。如果招标文件有明确要求而投标文件未满足，那么招标人有权拒绝该投标文件。
- 同时，法律法规也强调公平、公正、公开的原则。如果因为上传文件未注明联合体单位这一细微瑕疵而直接废标，可能不符合公平原则，特别是当这一瑕疵并未影响招标人对投标文件的实质性评审时。
实际评审中的考量：
- 在实际评审过程中，招标人或评标委员会会综合考虑投标文件的完整性、合规性、响应性等因素。如果上传文件未注明联合体单位，但投标文件的其他部分（如联合体协议书、投标报价等）均符合要求，且招标人或评标委员会认为这一瑕疵并未影响对投标文件的实质性评审，那么可能不会直接废标。
- 然而，如果招标人或评标委员会认为这一瑕疵可能导致对投标文件的误解或影响评审的公正性，那么可能会选择废标。
建议：
- 对于投标人：在准备投标文件时，务必仔细阅读招标文件的要求，确保所有文件均符合规定。如果招标文件要求上传文件必须注明联合体单位，那么务必在上传文件中明确注明。
- 对于招标人：在编制招标文件时，应尽可能明确、具体地规定投标文件的格式、内容、提交方式等要求，以避免因理解歧义或规定不明确而导致的争议。同时，在评审过程中，应坚持公平、公正、公开的原则，综合考虑投标文件的各项因素，做出合理的评审决定。
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