结论：员工受伤住院后，双方即使达成了赔偿协议，员工在特定情况下仍然可以起诉。

详细分析：

1. 赔偿协议的法律效力：

   • 赔偿协议是双方自愿达成的，具有民事合同的性质。一旦双方签字确认，该协议即对双方产生法律约束力。
   • 如果赔偿协议是在平等、自愿、公平的基础上签订的，且内容合法，那么该协议通常会被法院认可并执行。

2. 可起诉的情形：

   • 协议存在欺诈、胁迫或显失公平：如果员工在签订赔偿协议时受到欺诈、胁迫，或者协议内容明显不公平（如赔偿金额远低于实际损失），员工有权向法院提起诉讼，请求撤销或变更该协议。
   • 协议未涵盖所有赔偿项目：如果赔偿协议仅涵盖了部分赔偿项目，而员工后续发现还有其他应得赔偿未包含在内（如后续治疗费、残疾赔偿金等），员工可以就未涵盖的部分提起诉讼。
   • 协议履行过程中出现争议：如果双方在协议履行过程中出现争议，如赔偿方未按约定支付赔偿金，员工也可以向法院提起诉讼，要求对方履行协议或承担违约责任。

3. 法律建议：

   • 审查协议内容：在签订赔偿协议前，员工应仔细审查协议内容，确保所有应得赔偿都已包含在内，且协议条款公平合理。
   • 保留证据：员工应保留好与受伤相关的所有证据，如医疗记录、费用单据、证人证言等，以备不时之需。
   • 及时咨询律师：如果员工对赔偿协议有疑问或担忧，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能面临的法律风险。

4. 可能的法律后果：

   • 如果员工提起诉讼并胜诉，法院可能会判决撤销或变更原赔偿协议，要求赔偿方支付额外的赔偿金或承担其他法律责任。
   • 如果员工提起诉讼但败诉，法院可能会维持原赔偿协议的效力，员工需要按照协议内容接受赔偿。

举例说明： 假设员工小李在工作中受伤住院，与雇主签订了一份赔偿协议，约定雇主支付小李医疗费、误工费等共计5万元。但小李在后续治疗中发现，由于伤势严重，还需要进行二次手术，费用预计3万元。此时，小李可以就二次手术费用向法院提起诉讼，要求雇主支付额外的赔偿金。如果法院认定小李的诉求合理，可能会判决雇主支付这3万元费用。

总结：员工受伤住院后，即使双方已经达成了赔偿协议，员工在特定情况下仍然有权向法院提起诉讼。因此，在签订赔偿协议前，员工应谨慎审查协议内容，并在必要时咨询专业律师的意见。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。