结论概述：就新闻背景中女子称被主治医生侵犯而警方不予立案的情况，警方不予立案的程序是否合法，需结合具体证据和法律规定综合判断。从现有信息看，警方程序可能合法，但案件仍存在争议，需进一步审查证据和事实。以下从法律程序、证据认定、案件争议焦点等维度进行详细分析。

一、法律程序维度：警方不予立案的合法性依据

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第112条，公安机关对报案、控告、举报材料，经审查认为没有犯罪事实，或犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任的，应不予立案，并出具《不予立案通知书》。
在本案中，警方经调查后认为“没有发现王某犯罪事实”，并作出不予立案决定。从程序上看，若警方已依法履行了受理、审查、调查等程序，且结论有证据支持，则程序合法。但需注意，若受害人对不予立案决定不服，可依法申请复议（如王女士已提出行政复议），或向检察院提出立案监督请求。

二、证据认定维度：关键证据的效力与争议

强奸罪的成立需证明“暴力胁迫”和“违背意志”两大核心要件。本案中，警方不予立案的依据可能涉及以下证据问题：

1. DNA证据的局限性：
   
   • 胸部拭子检出医生DNA、纸巾检出精斑，可证明双方发生过性接触，但无法直接证明性行为是否违背女方意志。
     
   • 阴道拭子未检出人精斑，可能因采样时间、方式等因素导致证据缺失，但不能完全排除性行为发生。
     
2. 录音证据的争议：
   
   • 录音中女方主动询问“是否喜欢自己”，医生给予肯定答复，可能被警方认定为“双方互动”而非“单方强迫”。
     
   • 但需结合其他证据（如女方反抗痕迹、身体状况、病房环境等）综合判断是否属于“利用女方无力反抗的状态实施侵犯”。
     
3. 女方身体状况的特殊性：
   
   • 女方住院期间高烧39.9℃，可能处于“不能抗拒”的状态。若医生利用此状态实施性行为，即使无暴力胁迫，也可能构成强奸罪（《刑法》第236条）。
     
   • 但警方可能认为现有证据不足以证明医生主观上明知女方无法反抗，或客观上利用了女方无力反抗的状态。

三、案件争议焦点：法律适用与事实认定

本案争议焦点在于：性行为是否违背女方意志，以及医生是否利用女方无力反抗的状态实施侵犯。

1. 若警方认定“双方合意”：
   
   • 需排除女方因高烧、孤立无援等特殊情况导致的“不能抗拒”状态。
     
   • 若女方在性行为中未明确表示同意（如录音中无明确同意表述），且存在肢体反抗，则警方结论可能存在争议。
     
2. 若女方主张“被强迫”：
   
   • 需提供更多证据（如病房监控、证人证言、医疗记录等）证明医生存在暴力、胁迫或利用女方无力反抗的行为。
     
   • 若复议或检察院审查后认为证据充分，可要求警方立案侦查。

四、对公众的启示与类似案件的预防

1. 证据固定的重要性：
   
   • 遭遇性侵时，应第一时间报警并保留生物证据（如衣物、拭子等），避免清洗或破坏现场。
     
   • 尽可能通过录音、录像、证人等方式固定证据，尤其是证明“违背意志”的关键事实。
     
2. 医疗场所的监管责任：
   
   • 医院应加强对医护人员的职业道德培训，完善病房监控、巡查制度，避免患者处于孤立无援的状态。
     
   • 患者住院期间，家属或陪护人员应尽量陪同，减少风险。
     
3. 法律救济途径：
   
   • 若对警方不予立案决定不服，可依法申请复议或向检察院提出立案监督请求。
     
   • 必要时可委托律师介入，通过刑事附带民事诉讼或单独民事诉讼追究侵权责任。

五、后续法律程序展望

目前，王女士已提出行政复议，案件可能进入以下程序：

1. 复议机关审查：
   
   • 复议机关将重新审查警方调查程序、证据认定和法律适用是否合法。
     
   • 若认为原决定错误，可撤销不予立案决定，要求警方重新立案侦查。
     
2. 检察院立案监督：
   
   • 若复议结果仍不予立案，王女士可向检察院申请立案监督。
     
   • 检察院可要求警方说明理由，或直接通知警方立案侦查。
     
3. 民事赔偿途径：
   
   • 即使刑事立案未成功，王女士仍可通过民事诉讼主张医疗损害赔偿、精神损害赔偿等。

总结：本案中警方不予立案的程序是否合法，需结合具体证据和法律规定综合判断。从现有信息看，警方程序可能合法，但案件仍存在争议。建议王女士继续通过法律途径（如复议、立案监督）维护权益，同时完善证据链以支持主张。若需进一步法律帮助，可直接向我咨询。