员工以工资抵房款的行为是否合法，需分情况讨论：
若员工与用人单位有明确约定，且该约定不违反法律法规强制性规定：
- 在这种情况下，如果双方通过书面合同或其他形式明确约定了以工资抵房款的具体条款，如抵房款的金额、方式、时间等，并且这些条款没有违反《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规的强制性规定，那么这种行为在法律上可能是被认可的。但需要注意的是，工资是员工劳动的报酬，其支付方式和用途应当受到法律的严格保护，任何形式的抵扣或变相抵扣都应当谨慎处理，确保不损害员工的合法权益。
若员工与用人单位无明确约定，或约定违反法律法规强制性规定：
- 无明确约定：如果双方没有就以工资抵房款达成明确约定，用人单位单方面将员工的工资用于抵房款，这种行为很可能构成违法。因为根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。用人单位无权单方面改变工资的支付方式和用途。
- 约定违反法律法规：即使双方有约定，但如果该约定违反了法律法规的强制性规定，如约定了过高的抵扣比例、不合理的抵扣条件等，那么这种约定也是无效的。在这种情况下，员工有权要求用人单位按照法律规定支付工资，并可以依法维护自己的合法权益。
法律建议：
- 对于员工而言，如果用人单位提出以工资抵房款的要求，应当谨慎考虑并仔细审查相关条款。如果认为该要求不合理或可能损害自己的合法权益，应当及时与用人单位沟通协商，必要时可以寻求法律援助或向劳动监察部门投诉。
- 对于用人单位而言，应当严格遵守法律法规的规定，不得单方面改变工资的支付方式和用途。如果确实需要与员工就工资支付方式进行协商，应当确保协商过程合法合规，并签订书面协议明确双方的权利和义务。
可能法律后果：
- 如果用人单位违法以工资抵房款，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。同时，员工也有权要求用人单位支付被抵扣的工资，并可以依法向用人单位主张赔偿损失等民事责任。
综上所述，员工以工资抵房款的行为是否合法取决于双方是否有明确约定以及该约定是否违反法律法规的强制性规定。在处理此类问题时，建议双方保持谨慎态度并咨询专业律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。