针对三家企业存在违法行为造成污染是否可以合并一个案件进行处罚的问题，结论如下：

1. 一般情况下，不可以直接合并处罚：

   • 法律主体独立性：每家企业都是独立的法律主体，其违法行为应独立承担法律责任。环保部门在执法时，需针对每家企业的具体违法行为进行调查、取证，并依据相关法律法规作出独立的行政处罚决定。
   • 处罚程序要求：行政处罚程序要求对每个违法行为进行独立的调查、告知、听证（如适用）和决定等环节。合并处罚可能违反法定程序，损害企业的合法权益。

2. 特定情形下，可能涉及共同违法或连带责任：

   • 共同违法：如果三家企业共同实施了污染环境的违法行为，如共同排放污染物、共同隐瞒污染事实等，且存在共同故意或过失，那么它们可能构成共同违法。在此情况下，环保部门可以依法对它们进行共同处罚，但处罚决定仍需明确每家企业的责任份额和处罚内容。
   • 连带责任：在某些情况下，如三家企业之间存在关联关系（如母子公司、控股关系等），且其中一家企业的违法行为对其他企业造成了损害或影响了其他企业的环境责任履行，那么可能涉及连带责任问题。但连带责任的具体承担方式和范围需根据相关法律法规和案件事实进行判断。

3. 实际操作中的建议：

   • 分别调查处理：环保部门应分别对三家企业的违法行为进行调查处理，确保每家企业的违法行为都得到应有的惩处。
   • 加强协调合作：在调查处理过程中，环保部门可以加强与其他相关部门的协调合作，如公安、检察等，以形成合力打击环境违法行为。
   • 考虑环境修复和赔偿：除了行政处罚外，环保部门还可以要求三家企业承担环境修复和赔偿责任，以弥补其违法行为对环境造成的损害。

法律背景与依据：

• 根据《中华人民共和国环境保护法》及相关法律法规的规定，企业事业单位和其他生产经营者应当防止、减少环境污染和生态破坏，对所造成的损害依法承担责任。
• 行政处罚应遵循法定程序，确保当事人的合法权益得到保障。合并处罚可能违反法定程序要求，因此需谨慎对待。

可能后果与风险：

• 如果环保部门未经充分调查和证据收集就擅自合并处罚三家企业，可能面临行政复议或行政诉讼的风险，导致处罚决定被撤销或变更。
• 三家企业如果认为合并处罚决定违法或不当，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。

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