公司迟到扣款与全勤奖是否冲突，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若公司规章制度明确规定“迟到扣款与全勤奖互斥”
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位有权依法制定规章制度，但需满足三个条件：内容合法、经民主程序制定、向劳动者公示。若公司明确规定“当月迟到即取消全勤奖”，且该制度已通过职工代表大会讨论、公示或送达员工，则该规定合法有效。此时，迟到扣款与全勤奖的取消属于公司自主管理权范畴，不违反法律规定。

2. 若公司规章制度未明确规定，或规定存在瑕疵

   • 未公示的制度无效：若公司未将“迟到扣款与全勤奖关系”的规则告知员工（如未在劳动合同、员工手册中明确，或未组织学习签字），员工可主张该制度对自己不产生约束力，要求公司支付全勤奖。
     
   • 扣款比例违法时，全勤奖可能需支付：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工过错造成经济损失的扣款，每月不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。若公司因迟到扣款已达法定上限，再取消全勤奖可能导致员工实际收入低于最低工资，此时全勤奖应补发。
     
   • 全勤奖性质影响结果：若全勤奖属于“固定工资组成部分”（如合同明确约定为月薪构成），公司无权单方取消；若属于“额外奖励”（如合同约定“满足出勤条件发放”），则公司可依规取消。

3. 实务建议

   • 对员工：入职时务必要求公司出具书面规章制度，重点查看“考勤与奖惩”条款；若被扣款，可要求公司出具扣款依据及计算明细，核对是否合法。
     
   • 对公司：制定规章制度时需明确“迟到扣款与全勤奖的关系”，并履行民主程序与公示义务；扣款时需确保剩余工资不低于最低标准，避免因违法扣款引发劳动争议。

总结：迟到扣款与全勤奖是否冲突，取决于公司规章制度的合法性、扣款比例的合规性，以及全勤奖的性质。若公司制度合法且扣款合理，可取消全勤奖；反之，员工有权要求支付。如有具体案例，可进一步提供细节，我会为您分析具体风险点。