非农业项目占用耕地的查处部门主要是自然资源主管部门。以下从不同角度为你详细分析：
法律依据与部门职责
根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，自然资源主管部门负责土地的管理和监督工作，包括土地的规划、利用、保护以及违法行为的查处等。当非农业项目未经批准擅自占用耕地时，自然资源主管部门有权进行查处，包括责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状，以及可能并处罚款等。
查处流程与措施
发现与立案：自然资源主管部门在日常巡查、群众举报或其他途径发现非农业项目占用耕地的违法行为后，会进行初步调查，确认违法事实后立案。
调查与取证：立案后，自然资源主管部门会组织人员进行详细调查，收集相关证据，包括现场勘查记录、照片、视频、证人证言等，以证明违法事实的存在和性质。
处理与处罚：根据调查结果，自然资源主管部门会依法作出处理决定，包括责令退还非法占用的土地、限期拆除违法建筑、恢复土地原状等，并可能处以罚款。对于情节严重、构成犯罪的，还会依法移送司法机关追究刑事责任。
执行与监督：处理决定作出后，自然资源主管部门会监督违法者履行处理决定，确保土地得到恢复和保护。同时，也会加强后续监管，防止类似违法行为再次发生。
特殊情况与协作机制
跨部门协作：在查处非农业项目占用耕地的违法行为时，自然资源主管部门可能会与其他相关部门（如农业农村部门、城市管理部门等）进行协作，共同打击违法行为，保护土地资源。
社会监督与举报：鼓励社会公众对非农业项目占用耕地的违法行为进行举报和监督。自然资源主管部门会设立举报渠道，及时受理和处理群众举报，形成全社会共同保护土地资源的良好氛围。
法律后果与责任
非农业项目未经批准擅自占用耕地是违法行为，不仅可能面临自然资源主管部门的行政处罚，还可能对违法者造成经济损失和声誉损害。如果情节严重、构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。因此，建议相关企业和个人在占用耕地进行非农业建设前，务必依法办理相关审批手续，确保合法合规用地。
总结来说，非农业项目占用耕地的查处部门主要是自然资源主管部门，他们负责土地的管理和监督工作，并有权对违法行为进行查处。如果你或你身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。