在机动车交通事故中，侵权人垫付的款项能否一起判决，这主要取决于具体的案件情况和法院的裁判思路，但通常情况下，侵权人垫付的款项是可以在判决中一并处理的。以下从几个角度进行详细分析：
法律原则与目的：
- 交通事故赔偿的目的是为了弥补受害人的损失，使其恢复到事故发生前的状态。如果侵权人已经垫付了部分款项，这些款项理应在最终的赔偿判决中予以考虑，以避免受害人获得双重赔偿，同时也确保侵权人的合法权益得到保障。
判决的综合性与全面性：
- 法院在审理交通事故赔偿案件时，会综合考虑所有相关因素，包括侵权人的过错程度、受害人的损失情况、以及侵权人已经垫付的款项等。因此，侵权人垫付的款项作为案件事实的一部分，通常会被法院纳入判决的考量范围。
实际操作中的处理方式：
- 在实际操作中，侵权人垫付的款项可以通过两种方式在判决中体现：一是直接在判决书中明确扣除侵权人已经垫付的款项，然后确定剩余的赔偿金额；二是在判决书中先确定总的赔偿金额，然后注明侵权人已经垫付的款项，并说明在执行过程中予以抵扣。
- 举例说明：假设受害人因交通事故产生了医疗费、误工费等共计10万元的损失，侵权人已经垫付了3万元。在判决时，法院可能会直接判决侵权人再赔偿受害人7万元（即10万元-3万元），或者在判决书中先确定侵权人应赔偿10万元，然后注明侵权人已经垫付的3万元在执行时予以抵扣。
特殊情况下的处理：
- 如果侵权人垫付的款项超出了其应承担的赔偿责任，那么超出部分可能构成不当得利，受害人应当予以返还。这种情况下，法院也会在判决中明确处理方式。
- 另外，如果侵权人垫付的款项涉及保险理赔等复杂情况，法院可能会根据保险合同的约定和相关法律规定，对垫付款项的处理作出特别规定。
建议与注意事项：
- 对于侵权人来说，在垫付款项时最好保留好相关证据（如转账记录、收据等），以便在后续的诉讼中证明自己的垫付行为。
- 对于受害人来说，如果收到了侵权人的垫付款项，也应当在诉讼中如实陈述，避免因为隐瞒事实而承担不利的法律后果。
总结来说，在机动车交通事故中，侵权人垫付的款项通常可以在判决中一并处理。但具体如何处理，还需要根据案件的具体情况和法院的裁判思路来确定。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供详细的法律建议。