结论：总经理不在时，董事长是否可以组织开总办会，这主要取决于公司章程或相关内部管理制度的规定。若公司章程或制度明确赋予董事长此权限，则董事长可以组织；若无明确规定，则需根据公司实际情况、惯例或股东会、董事会的决议来判断。

分析说明：

1. 公司章程与内部管理制度的权威性：

   • 公司章程是公司的“宪法”，它规定了公司的基本架构、运营规则等核心内容。若公司章程中明确规定了董事长在总经理不在时有权组织总办会，那么董事长便拥有此权限。
   • 内部管理制度，如董事会议事规则、总经理办公会议事规则等，也可能对总办会的组织权限进行具体规定。若这些制度中明确董事长在总经理缺席时可组织总办会，则董事长同样可以行使此权利。

2. 公司实际情况与惯例：

   • 即便公司章程或内部管理制度未明确规定，但若公司长期以来形成了董事长在总经理不在时组织总办会的惯例，且该惯例未被股东会、董事会或其他相关方明确反对，那么董事长在事实上可能拥有此权限。
   • 此外，公司实际情况，如总经理的缺席频率、董事长在公司中的实际地位等，也可能影响董事长是否组织总办会的决策。

3. 股东会、董事会的决议：

   • 股东会或董事会作为公司的最高权力机构或决策机构，有权对公司的重要事项进行决议。若股东会或董事会通过了关于董事长在总经理不在时组织总办会的决议，那么董事长便拥有此权限。

法律建议：

• 查阅公司章程与内部管理制度：首先，应查阅公司章程及相关内部管理制度，明确其中是否对董事长在总经理不在时组织总办会的权限进行了规定。
• 了解公司实际情况与惯例：其次，应了解公司的实际情况和惯例，包括总经理的缺席情况、董事长在公司中的实际地位等，以判断董事长是否可能拥有此权限。
• 咨询股东会或董事会意见：若公司章程和内部管理制度未明确规定，且公司实际情况和惯例也无法提供明确答案，那么建议咨询股东会或董事会的意见，以明确董事长的权限。

可能后果：

• 若董事长未经授权擅自组织总办会，可能会引发公司内部管理混乱，甚至可能面临股东或董事的质疑或挑战。
• 若董事长在总经理不在时未组织总办会，而公司又急需决策或讨论重要事项，可能会影响公司的正常运营和决策效率。

因此，建议公司在制定公司章程和内部管理制度时，明确董事长在总经理不在时组织总办会的权限和程序，以避免不必要的争议和混乱。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。