在公司治理结构中，董事长不在时，股东通常可以依据法定程序召开股东会议。以下是对此问题的详细分析：

1. 一般规定：

   • 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股东会会议由股东按照出资比例行使表决权，会议分为定期和临时两种。定期会议按公司章程规定召开，而临时会议在特定条件下可由代表十分之一以上表决权的股东、三分之一以上的董事、监事会或监事提议召开。
   • 在有限责任公司中，若设立董事会，股东会会议应由董事会召集，董事长在其能履行职务的情况下主持会议。这表明，董事长本身并不具备独立召集股东会的法定职权，而是由董事会作为整体来行使这一职权。

2. 董事长缺席时的处理：

   • 若董事长因故不能履行职务，按照公司章程的规定，可能由副董事长或其他董事主持股东会会议。
   • 在董事长缺席且未明确指定其他主持人时，股东会会议仍应按照公司章程和法定程序进行，不应因董事长的缺席而受阻。

3. 不设董事会的特殊情况：

   • 对于不设董事会的有限责任公司，执行董事可以行使相当于董事会的职权，包括召集股东会会议。
   • 在这种情况下，执行董事相当于公司治理结构中的“董事会”，有权召集并主持股东会会议。

4. 实际操作中的建议：

   • 在董事长缺席时，建议公司秘书或相关管理人员及时与股东沟通，明确会议召集和主持的安排。
   • 若公司章程对董事长缺席时的会议召集和主持有特别规定，应严格按照章程执行。
   • 为确保会议的合法性和有效性，建议在会议前将召集和主持的安排通知所有股东，并征得他们的同意或确认。

综上所述，董事长不在时，股东可以依据法定程序和公司章程的规定召开股东会议。若对具体操作有疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。