结论前置：在免予处罚但仅收缴问题药品的情况下，仍然需要做行政处罚卷。以下从多个角度进行详细分析：

一、行政处罚卷的必要性

行政处罚卷是记录行政处罚全过程的重要法律文件，它不仅是行政机关实施行政处罚的依据，也是后续行政复议、行政诉讼等法律程序中的重要证据。即使行政机关决定免予处罚，但收缴问题药品的行为本身也是一种行政行为，需要依法进行记录和归档。因此，制作行政处罚卷是确保行政行为合法性和规范性的必要步骤。

二、收缴问题药品的性质

收缴问题药品是行政机关在履行监管职责时，对违法违规行为采取的一种行政措施。这种措施虽然不直接涉及罚款、吊销许可证等处罚，但仍然是对违法行为的一种纠正和制止。根据《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规的规定，行政机关在实施行政行为时，应当依法制作行政处罚卷，记录行政行为的实施过程、依据和结果。

三、行政处罚卷的内容要求

行政处罚卷通常包括案件来源、立案审批、调查取证、审查决定、执行等各个环节的文书和材料。在免予处罚但收缴问题药品的情况下，行政处罚卷应当详细记录以下内容：

1. 案件来源和立案审批：说明案件的来源和立案的依据，包括举报、检查发现等。
2. 调查取证：记录调查取证的过程和结果，包括问题药品的发现、鉴定、扣押等。
3. 审查决定：说明行政机关对案件的审查情况和决定免予处罚但收缴问题药品的理由和依据。
4. 执行情况：记录收缴问题药品的执行过程和结果，包括收缴的数量、时间、地点等。

四、不制作行政处罚卷的法律后果

如果行政机关在免予处罚但收缴问题药品的情况下不制作行政处罚卷，可能会面临以下法律后果：

1. 行政行为违法：不制作行政处罚卷可能违反相关法律法规的规定，导致行政行为被认定为违法。
2. 证据缺失：在后续的行政复议、行政诉讼等法律程序中，由于缺乏行政处罚卷作为证据，行政机关可能难以证明其行政行为的合法性和合理性。
3. 责任追究：如果因不制作行政处罚卷而导致行政行为违法或造成不良后果的，相关责任人员可能面临责任追究。

建议：在实际操作中，行政机关应当严格按照法律法规的规定制作行政处罚卷，确保行政行为的合法性和规范性。如果您在行政处罚过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。