工程结算协议中的约定管辖条款，一般不能变更建工纠纷的专属管辖。以下从多个角度进行详细分析：

一、专属管辖的法律规定

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条（现为第三十五条，但内容关于专属管辖的核心未变）的规定，下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：

1. 因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；
2. 因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖；
3. 因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。

在建设工程纠纷中，由于建设工程合同通常涉及不动产（如建筑物、构筑物等）的建设，因此，因建设工程合同纠纷提起的诉讼，往往被视为不动产纠纷的一种，适用专属管辖的规定。这意味着，除非法律另有规定，否则建设工程合同纠纷应由不动产所在地的人民法院管辖。

二、约定管辖与专属管辖的关系

约定管辖，即当事人通过协议选择管辖法院，是民事诉讼中的一项重要制度。然而，约定管辖并非无限制的，它受到专属管辖的限制。当法律对某类案件规定了专属管辖时，当事人之间的约定管辖条款将无效，因为专属管辖具有优先性和排他性。

三、工程结算协议中的约定管辖条款

工程结算协议是建设工程合同的一部分或后续协议，它主要涉及工程款的结算问题。尽管工程结算协议可能包含约定管辖条款，但由于建设工程合同纠纷通常适用专属管辖，因此工程结算协议中的约定管辖条款一般不能变更建工纠纷的专属管辖。

四、特殊情况与例外

当然，也存在一些特殊情况或例外。例如，如果建设工程合同纠纷并不直接涉及不动产的权属或建设问题，而是涉及其他方面的争议（如工程款的支付、违约责任等），且这些争议与不动产的地理位置无直接关联，那么在某些情况下，当事人之间的约定管辖条款可能被视为有效。然而，这种情况相对较少，且需要具体分析合同内容和争议性质。

五、法律建议

1. 在签订建设工程合同时，应明确约定纠纷解决方式，包括是否选择仲裁或诉讼，以及诉讼时的管辖法院。但需注意，如果合同涉及不动产纠纷，约定管辖条款可能无效。
2. 在发生纠纷时，应及时咨询专业律师，了解具体的法律适用和管辖规定，以便采取合适的法律措施维护自身权益。

综上所述，工程结算协议中的约定管辖条款一般不能变更建工纠纷的专属管辖。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。