针对您提出的“孕期旷工怎么处理”这一问题，这确实是一个涉及劳动法与女职工特殊保护的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们要明确的是，孕期女职工在劳动法中享有特殊的保护。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得依照本法第四十条（无过失性辞退）、第四十一条（经济性裁员）的规定解除劳动合同。这一规定体现了法律对孕期女职工的倾向性保护，旨在保障她们在这一特殊生理阶段的合法权益。

然而，这并不意味着孕期女职工可以无视公司的规章制度，包括旷工等行为。如果孕期女职工存在旷工行为，且该行为达到了“严重违反用人单位规章制度”的程度，用人单位仍然有权依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，单方面解除劳动合同，且无需支付经济补偿金。

在司法实践中，对于孕期女职工旷工行为是否达到依法辞退的程度，法院会采取严格审查的态度。核心判断标准在于考量女职工未到岗是“滥用权利”还是“生理客观需要所迫”。如果女职工确实因孕期生理原因、产检、请假瑕疵或用人单位安排不当导致不能及时到岗，且事后向用人单位进行了解释说明，并未造成严重后果的，那么用人单位以旷工为由辞退女职工通常会被认定为违法解除，需要支付经济赔偿金。

以您提供的案例为例，小甲作为孕期女职工，虽然存在多次未及时到岗的情况，但这是由于孕期身体原因前往医院就医，并事后将就医证明出示给了公司相关人员。小甲的旷工行为并非恶意对抗公司管理，且在事后及时向公司进行了解释说明，未给公司造成严重损失。因此，法院认定乙公司以旷工为由辞退小甲属于违法解除，依法应支付经济赔偿金。

综上所述，对于孕期旷工的处理，关键在于判断旷工行为是否达到了“严重违反用人单位规章制度”的程度，以及女职工未到岗的具体原因。如果女职工确实因生理原因无法到岗，且事后进行了合理的解释说明，那么用人单位应倾向于给予理解和支持，而非直接辞退。如果女职工存在恶意旷工等行为，用人单位则有权依据相关法律法规进行处理。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。