当员工侵占公司财产但未达到立案标准时，企业可以从民事途径、企业内部处理以及行政途径三个层面进行综合应对，以维护自身权益并预防类似事件再次发生。以下是对此问题的详细分析：
一、民事途径
要求返还财物与赔偿损失：
- 企业作为受害单位，可以通过民事诉讼的方式，要求侵占财产的员工返还被侵占的财物。同时，若侵占行为导致企业遭受其他经济损失，如生产停滞、业务延误等，企业还可以在民事诉讼中一并主张赔偿。在诉讼过程中，企业需提供充分证据证明侵占行为及财物具体情况，以及损失的具体数额和合理依据。
协商解决：
- 在提起民事诉讼前，企业可以尝试与侵占员工进行协商，通过和解方式要求其返还财物或赔偿损失。这种方式可以节省诉讼成本和时间，同时也有助于维护企业与员工之间的关系。
二、企业内部处理
纪律处分：
- 企业应依据内部规章制度对实施职务侵占行为的员工进行纪律处分，如警告、罚款、降职、降薪、解除劳动合同等。处理过程需遵循规章制度规定的程序，确保合法合规，并保障员工的知情权和申诉权。通过严格的纪律处分，可以起到警示作用，防止类似事件再次发生。
加强内部监管与预防机制：
- 企业应完善财务管理制度，加强内部审计，确保资金流向清晰透明，降低职务侵占风险。同时，提升员工法律意识，通过定期法律培训让员工了解职务侵占的严重后果，增强法治观念。此外，企业还可以通过内部会议、培训等方式，将职务侵占事件作为典型案例进行教育警示，强调职业道德和企业纪律。
三、行政途径
- 对于利用职务之便实施侵占行为但情节较轻尚不构成犯罪的，可能违反相关行政管理规定。企业可以关注相关行政法规，及时与主管部门沟通协作，寻求行政主管部门的帮助。特定行业的主管部门可根据具体情况对涉事人员采取行政监管措施，如警告、责令整改等。
综合建议：
面对员工侵占公司财产但未达到立案标准的情况，企业应综合运用民事、企业内部处理和行政途径来应对。首先，通过民事途径寻求财物返还和损失赔偿；其次，加强内部管理，完善监管机制，预防类似事件再次发生；最后，关注行政法规，必要时寻求行政主管部门的帮助。这样既能有效维护企业权益，又能为企业的长远发展提供有力保障。
在处理此类事件时，企业应注重证据的收集和保存，确保在诉讼或协商过程中有充分的依据支持自己的主张。同时，企业也应加强内部管理，完善相关制度，提高员工的法律意识和职业道德水平，从根本上预防职务侵占行为的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。