公休假期间只发基础绩效而不发全额绩效工资，一般是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律规定明确公休假权益
根据《职工带薪年休假条例》第二条，连续工作1年以上的职工享受带薪年休假，单位应当保证职工享受年休假，并在年休假期间给予与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，公休假期间职工的工资待遇不应受到任何削减，包括绩效工资。
同时，《企业职工带薪年休假实施办法（2008年版）》第十一条也进一步细化了相关规定，指出职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入，实行计件工资、提成工资或者其他绩效工资制的职工，日工资收入的计发办法也按照相应规定执行。这同样强调了年休假期间工资收入的完整性，即绩效工资在公休假期间也应按时足额发放。
二、绩效工资的发放原则
绩效工资作为职工工资的一部分，其发放应遵循公平、合理的原则，并与职工的工作表现和业绩紧密相关。在公休假期间，尽管职工没有实际提供劳动，但这是法律赋予的休息权利，不能因此而否定其在正常工作期间的表现和业绩。因此，从绩效工资的发放原则来看，公休假期间也应发放全额绩效工资。
三、特殊情况的合法性判断
当然，也存在一些特殊情况，可能使得公休假期间不发放全额绩效工资具有合法性：
特殊绩效工资核算方式：若单位的绩效工资核算方式严格依据实际工作成果或工作量，且在规章制度中有明确规定并事先告知职工，同时这种规定不违反法律法规的强制性规定，那么在极少数情况下，公休假期间可能不发放与实际工作成果或工作量直接相关的绩效工资部分。但这种情况需要单位有明确的制度依据，并确保制度的合法性和合理性，且通常只涉及绩效工资中的变动部分，而非全部绩效工资。
劳动合同约定：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，如果劳动合同中明确约定了绩效工资的具体标准和发放条件，且公休期间不属于绩效工资发放的范围（例如，劳动合同中明确约定绩效工资仅与实际出勤天数或工作成果挂钩），那么用人单位在公休期间扣除部分绩效工资可能是合法的。但前提是劳动合同中的约定必须明确、具体，且不得违反相关法律法规的强制性规定。
四、违法后果
如果用人单位无故克扣职工年休假期间的绩效工资，将违反《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规的规定。劳动行政部门有权责令用人单位支付被克扣的工资报酬、经济补偿以及赔偿金，以维护职工的合法权益。
五、建议与行动
核查劳动合同和规章制度：首先，建议你核查自己的劳动合同和单位的规章制度，看其中是否有关于公休假期间绩效工资发放的具体规定。
与单位协商：如果发现单位存在克扣绩效工资的情况，你可以先与单位进行协商，要求单位按照法律规定和合同约定支付全额绩效工资。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果协商无果，你可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
综上所述，公休假期间只发基础绩效而不发全额绩效工资，一般是不合法的。但具体还需根据劳动合同和单位规章制度的规定来判断。如果你对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。