结论：劳动合同中约定第三个月发工资是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但存在特殊情形可能合法。以下从不同角度详细分析：

一、一般情形：不合法

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”以及《工资支付暂行规定》第七条：“工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。”

在常规的劳动关系中，用人单位与劳动者约定的工资支付周期通常为每月一次。若劳动合同中约定第三个月才发放工资，即工资支付周期超过了法律规定的“至少每月一次”的标准，这种约定因违反法律的强制性规定而无效，用人单位需承担违法责任，劳动者有权要求用人单位按时足额支付工资，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

二、特殊情形：可能合法

尽管一般情况下劳动合同中约定第三个月发工资不合法，但也存在一些特殊情形，使得这种约定可能被视为合法：

1. 双方协商一致且不违反法律强制性规定：

   • 如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了第三个月发工资，且该约定是双方真实意思的表示，同时没有违反法律的强制性规定（如未低于当地最低工资标准、未克扣或无故拖欠工资等），在特定情况下，这种约定可能被视为有效。但这种情况极为罕见，且需要严格的法律审查和证据支持。

2. 存在合理的支付延迟理由：

   • 如用人单位因经营困难、资金周转问题等客观原因导致工资支付延迟，且已向劳动者说明情况并承诺尽快支付，同时这种延迟是暂时的、非恶意的，在特定条件下可能不构成违法。但用人单位仍需承担及时支付的义务，并可能需支付一定的经济补偿或赔偿。

3. 特定行业或岗位的特殊性：

   • 在某些特定行业或岗位中，由于工作性质或业务模式的特殊性，可能存在工资支付周期较长的情况。但这种情况通常需要得到劳动行政部门的批准或备案，并需符合相关法律法规的规定。未经批准或备案的延长工资支付周期约定，仍可能被视为违法。

三、法律建议

1. 对于劳动者：

   • 在签订劳动合同时，应仔细阅读工资支付条款，确保工资支付周期符合法律规定。
   • 如发现用人单位存在违法支付工资的行为，应及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

2. 对于用人单位：

   • 应严格遵守法律法规关于工资支付的规定，确保按时足额支付劳动者工资。
   • 如因特殊原因需要延迟支付工资，应提前与劳动者协商并说明情况，同时尽快解决支付问题，避免引发劳动纠纷。

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