针对分公司负责人已离职但总公司拒绝办理变更申请的情况，可按以下步骤处理：

1. 核查分公司章程及内部管理文件
   首先需确认分公司章程或总公司制定的内部管理制度中，是否明确规定了负责人变更的流程及审批权限。若章程规定分公司负责人变更需经总公司批准，但未明确拒绝变更的合理条件，则总公司的拒绝可能缺乏合法依据；若章程未规定或规定模糊，可依据《公司法》第十四条“分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担”的原则，主张分公司作为总公司的分支机构，其负责人变更属于总公司内部管理事项，总公司无正当理由不得拒绝。

2. 与总公司协商并书面催告
   建议以书面形式（如律师函或正式函件）向总公司说明：

   • 原负责人已离职，客观上无法继续履行职责；
     
   • 负责人长期空缺可能影响分公司正常经营（如合同签署、银行账户管理等）；
     
   • 要求总公司在合理期限内（如15个工作日）完成变更登记，并明确逾期不办的法律后果（如追究总公司管理责任）。
     协商过程中可保留沟通记录（邮件、微信等），作为后续维权证据。

3. 向市场监管部门申请强制变更
   若总公司仍拒绝配合，可向分公司登记地的市场监督管理部门提交以下材料申请变更：

   • 分公司变更登记申请书（加盖总公司公章）；
     
   • 新任负责人的任职文件及身份证明；
     
   • 原负责人离职证明（如离职协议、解除劳动合同通知等）；
     
   • 总公司拒绝变更的书面说明（如有）及协商记录。
     根据《市场主体登记管理条例》第二十四条，市场监管部门有权要求总公司配合，若总公司拒不配合且无合法理由，可能面临行政处罚（如警告、罚款），同时登记机关可依申请直接办理变更登记。

4. 通过诉讼解决争议
   若上述途径均无效，可向法院提起诉讼，要求总公司履行变更义务。诉讼策略包括：

   • 案由选择：以“公司决议纠纷”或“请求变更公司登记纠纷”为案由；
     
   • 证据准备：除前述材料外，还需证明总公司拒绝变更无正当理由（如内部审批流程违法、滥用权利等）；
     
   • 诉讼请求：判决总公司配合完成负责人变更登记，并赔偿因拖延变更导致的损失（如分公司无法正常经营产生的违约金、诉讼费用等）。
     

风险提示：

• 若分公司章程明确规定负责人变更需总公司董事会决议等特殊程序，需先通过内部治理途径解决（如召开董事会）；
  
• 变更期间需确保分公司公章、财务资料等由合法人员保管，避免原负责人利用职务便利损害公司利益。
  

如有进一步细节（如总公司拒绝的具体理由、分公司章程条款等），可向我补充说明，我会结合具体情况提供更精准的建议。