结论前置：年假未休时，单位应支付给职工的未休年假工资报酬是算入工资总额的，且这一做法是合法的。
法律背景与详细解释：
根据《职工带薪年休假条例》第五条第三款的规定，若单位因工作需要未能安排职工休年休假，或经职工本人同意不安排休年休假，单位需按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬。这一规定明确指出了未休年假工资报酬的计算方式和支付义务，确保了职工在未能享受休假权益时，能够获得经济上的补偿。
计算方式与工资总额的关系：
日工资收入的计算：依据《企业职工带薪年休假实施办法》第十一条，日工资收入的计算方式为职工本人的月工资除以月计薪天数（21.75天）。月工资指的是职工在用人单位支付其未休年休假工资报酬前12个月剔除加班工资后的月平均工资。这一计算方式确保了日工资收入的准确性和合理性。
未休年假工资报酬的计算：在得出日工资收入后，乘以应休未休年休假天数，并乘以300%，即可得出单位应当支付给职工的未休年假工资报酬。值得注意的是，这300%的工资报酬中已包含职工正常工作期间的工资收入，因此，除正常工作期间工资外，单位还需额外支付200%的工资作为未休年假的补偿。这部分额外支付的工资，自然应算入工资总额之中。
特殊情形处理：
员工主动放弃：若职工书面提出因个人原因放弃休年假，并且单位已经支付了其正常工作期间的工资收入，那么单位无需再额外支付未休年假的补偿。但这种情况并不改变未休年假工资报酬在一般情况下应算入工资总额的原则。
离职时未休年假：当用人单位与职工解除或终止劳动合同时，如果当年未安排职工休满应休年休假天数，单位应按照职工当年已工作时间折算应休未休年休假天数，并支付相应的未休年休假工资报酬。这部分工资报酬同样应算入离职时的工资结算总额之中。
维权途径与建议：
如果单位拒绝支付未休年假工资报酬，职工可以通过多种途径来维护自己的合法权益。首先，可以尝试与单位进行协商，寻求和解；如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理；最后，如果问题仍未得到解决，职工还可以申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的权益。
举例说明：
假设某职工月工资为5000元，应休未休年休假天数为5天。那么，该职工应得的未休年假工资报酬计算如下：
综上所述，年假未休时，单位应支付给职工的未休年假工资报酬是算入工资总额的，且这一做法是合法的。职工在遇到相关问题时，应了解自己的权益和计算方法，以便在必要时采取适当的维权措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。