针对单位一把手违规使用两部专车的情况，需结合具体违规性质、单位性质及制度规定综合处理，以下为分情况说明及建议：

1. 若违规行为违反单位内部管理制度
   单位可通过内部纪律处分程序处理，例如：

   • 核查制度依据：确认单位《车辆管理制度》《领导干部廉洁从业规定》等文件是否明确禁止“一人配置两部专车”或“超标准用车”。若制度有明确限制，可依据规定启动问责程序。
     
   • 处理方式：根据违规情节轻重，可给予警告、通报批评、责令退还车辆、扣减绩效等处分；若涉及公车私用、虚报费用等，还需追缴违规所得。
     
   • 程序要求：处理需经单位党委（党组）会议或领导班子集体讨论决定，确保程序合法，避免个人决策风险。

2. 若违规行为涉嫌违反党纪或国家法律法规
   需根据单位性质（如党政机关、国企、事业单位等）启动相应调查程序：

   • 党政机关/事业单位：若一把手为党员干部，可能涉及《中国共产党纪律处分条例》中“违反廉洁纪律”条款（如第107条“违规配备、使用公车”），需由纪检监察机关立案审查，给予党纪处分（警告至开除党籍），并追缴违规费用。
     
   • 国有企业：若涉及《国有企业领导人员廉洁从业若干规定》中“超标准购车、用车”情形，需由上级国企纪委或国资监管部门调查，给予纪律处分或组织处理，并可能追偿经济损失。
     
   • 刑事风险：若违规行为伴随贪污、受贿等犯罪（如通过虚开发票套取公车费用），可能触犯《刑法》第382条（贪污罪）、第385条（受贿罪），需移送司法机关处理。

3. 处理建议与风险防范

   • 单位层面：
     
     • 立即停止违规用车行为，封存或退回多余车辆；
       
     • 开展专项审计，核查车辆使用记录、费用报销凭证，固定证据；
       
     • 完善制度，明确专车配置标准、审批流程及责任追究条款。
       
   • 个人层面：
     
     • 一把手应主动说明情况、配合调查，若属制度漏洞或历史遗留问题，可争取从轻处理；
       
     • 若涉及利益输送，需尽快退赔违规所得，降低法律风险。
       

提示：具体处理需结合单位性质、违规细节及地方政策，建议单位先委托法律顾问或合规部门出具分析报告，再启动正式程序。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。