犯罪嫌疑人不配合做笔录时，办案机关会依法采取相应措施，确保程序合法并获取有效证据。具体处理方式如下：

1. 明确法律义务与后果
   根据《刑事诉讼法》规定，犯罪嫌疑人有如实供述的义务，但不配合本身不直接构成违法。办案人员需首先向其阐明法律义务，告知拒绝配合可能影响案件定性（如丧失从轻情节）或导致证据链缺失，但不会因此被额外处罚。若存在毁灭证据、威胁证人等干扰办案行为，则可能单独构成妨害作证罪等。

2. 调整讯问策略

   • 分阶段突破：对拒不配合的嫌疑人，可先从外围证据入手（如物证、电子数据、证人证言），形成证据链后，再结合其心理弱点（如家庭、社会关系）进行针对性讯问。
     
   • 心理施压：通过展示已掌握的客观证据（如监控录像、同案犯供述），削弱其侥幸心理，促使其认识到抵赖无益。
     
   • 法律后果告知：明确告知其沉默权范围（如对与案件无关的问题可拒绝回答），但关键事实需如实陈述，否则可能承担不利后果。

3. 强制措施的适用

   • 拘留/逮捕：若嫌疑人存在毁灭证据、串供等现实危险，可依法采取强制措施，限制其人身自由后继续讯问。
     
   • 技术侦查：对重大案件，可申请使用技术侦查手段（如监听、定位）获取间接证据，减少对口供的依赖。

4. 证据补强与程序合规

   • 其他证据印证：即使嫌疑人拒不供述，只要其他证据（如物证、鉴定意见、电子数据）形成完整证据链，仍可定罪。
     
   • 全程录音录像：确保讯问过程合法，避免因程序瑕疵导致证据无效。
     
   • 律师介入权：嫌疑人有权委托律师，律师可监督讯问过程，防止刑讯逼供等违法行为。

实务建议：

• 对办案机关：需平衡“获取口供”与“保障权利”，避免过度依赖口供导致冤假错案。
  
• 对嫌疑人：配合调查是争取从宽处理的关键，但需在律师指导下谨慎陈述，防止自证其罪。
  

如有具体案件细节（如罪名、嫌疑人态度等），可进一步分析策略。