结论：公司扣除驾驶员安全奖2000元是否合理，需根据具体情况判断，包括事故责任划分、公司规章制度以及劳动合同中的相关约定等。以下从不同角度进行分析：
一、事故责任划分角度
驾驶员全责或主要责任：
- 如果事故是由于驾驶员的过错（如超速、酒驾、违规操作等）导致的，且驾驶员被认定为全责或主要责任，那么公司根据内部规章制度扣除安全奖可能是合理的。这是因为安全奖通常是对员工遵守安全规定、无事故表现的奖励，驾驶员因自身过错导致事故，公司有权取消或减少其奖励。
驾驶员无责或次要责任：
- 如果事故是由于第三方原因（如其他车辆违规、道路条件不佳等）导致的，且驾驶员被认定为无责或次要责任，那么公司扣除安全奖可能缺乏合理性。因为驾驶员在事故中并无明显过错，公司不应因此剥夺其应得的奖励。
二、公司规章制度角度
规章制度明确约定：
- 如果公司规章制度中明确规定了事故发生后扣除安全奖的具体情形和标准，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，那么公司扣除安全奖的行为可能是合法的。但前提是规章制度的制定和公示程序必须合法合规。
规章制度未明确约定或程序违法：
- 如果公司规章制度中未明确规定事故发生后扣除安全奖的情形和标准，或者规章制度的制定和公示程序存在违法情形（如未经民主程序制定、未公示等），那么公司扣除安全奖的行为可能缺乏合法性依据。
三、劳动合同约定角度
劳动合同中有明确约定：
- 如果劳动合同中明确约定了事故发生后公司可以扣除安全奖的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除安全奖的行为可能是合法的。但同样需要确保劳动合同的签订程序合法合规。
劳动合同中无明确约定：
- 如果劳动合同中未明确约定事故发生后公司可以扣除安全奖的条款，那么公司扣除安全奖的行为可能缺乏合同依据。此时，公司需要依据其他法律法规或规章制度来主张其行为的合法性。
四、法律建议
审查公司规章制度和劳动合同：
- 驾驶员应首先审查公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于事故发生后扣除安全奖的具体约定和程序要求。
与公司协商沟通：
- 如果认为公司扣除安全奖的行为不合理或缺乏合法性依据，驾驶员可以与公司进行协商沟通，寻求解决方案。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，驾驶员可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在此过程中，如有需要，可以直接向我咨询相关法律问题。
总结：公司扣除驾驶员安全奖2000元是否合理，需根据事故责任划分、公司规章制度以及劳动合同中的相关约定等具体情况进行判断。驾驶员应审查相关规章制度和劳动合同，与公司协商沟通，并在必要时寻求法律援助。