结论：在交通事故中检察院不起诉且免于处罚的情况下，若开无犯罪证明时仍有记录，一般难以直接消除，但可通过特定途径进行查询记录的封存或申请出具无相关犯罪记录证明，具体如下：

1. 理解“记录”的性质

   • 首先，需要明确的是，检察院不起诉且免于处罚，并不意味着相关记录完全不存在。在司法系统中，尤其是公安机关和检察机关的内部系统中，仍可能保留有关于该案件的初步调查、审查起诉等阶段的记录。这些记录是司法程序的一部分，用于记录案件的处理过程和结果。

2. 无犯罪记录证明的开具

   • 根据相关法律法规，无犯罪记录证明是由公安机关出具的，用于证明个人在一定时期内没有犯罪记录的官方文件。在检察院不起诉且免于处罚的情况下，如果公安机关在内部系统中查询到相关记录，但认为这些记录不构成犯罪，他们仍然可以出具无犯罪记录证明，或者在证明中注明相关情况（如“经查，XX在XX案件中，检察院作出不起诉决定”等，但具体表述可能因地区而异）。
   • 如果公安机关拒绝出具无犯罪记录证明，或者出具的证明中包含了不希望出现的信息，可以尝试与公安机关沟通，解释情况，并请求他们根据实际情况出具更符合需求的证明。

3. 记录的“消除”与封存

   • 严格来说，司法记录一旦形成，就很难被“消除”。但是，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关规定，对于符合特定条件的未成年人犯罪记录，应当依法予以封存。对于成年人，虽然法律没有明确规定可以封存所有类型的司法记录，但在某些特定情况下（如涉及个人隐私、国家秘密等），相关记录可能会被限制查询或使用。
   • 在交通事故检察院不起诉且免于处罚的情况下，如果希望减少相关记录对个人生活的影响，可以尝试向作出不起诉决定的检察机关或处理案件的公安机关提出申请，请求他们限制相关记录的查询或使用。但需要注意的是，这种申请的成功率可能因地区、案件性质等因素而异。

4. 实际建议

   • 如果需要开具无犯罪记录证明，建议直接前往户籍所在地的公安机关进行申请，并如实说明情况。
   • 如果对公安机关出具的证明不满意，或者认为相关记录影响了个人权益，可以咨询专业律师（即我本人），了解具体的法律途径和救济措施。
   • 在日常生活中，尽量保持遵纪守法，避免涉及任何违法犯罪行为，以减少不必要的司法记录和麻烦。