交通肇事罪检察院酌定不起诉会留下犯罪记录，而法定不起诉和证据不足不起诉（在无新证据的情况下）则不会留下犯罪记录。以下是详细分析：
一、法定不起诉与犯罪记录
不起诉原因：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条的规定，若交通肇事行为存在情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪、犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚、依照刑法告诉才处理的犯罪没有告诉或撤回告诉、犯罪嫌疑人或被告人死亡，以及其他法律规定免予追究刑事责任等情形，检察院会作出法定不起诉决定。
犯罪记录情况：
- 在这些情形下，由于行为本身不被认定为犯罪，因此不会留下犯罪记录。
二、酌定不起诉与犯罪记录
不起诉原因：
- 对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。在交通肇事案件中，若肇事行为虽然构成犯罪但情节轻微，如肇事后果较轻、积极赔偿被害人并取得谅解、有自首立功等情节，检察院可能会酌定不起诉。
犯罪记录情况：
- 尽管行为在事实上构成了犯罪，但由于情节轻微且检察院从刑事政策和司法效益等方面考虑作出不起诉决定，但犯罪事实已被认定，因此会留下犯罪记录。不过，这种记录与经过法院审判定罪的犯罪记录在性质上有所不同，它更多是在司法机关内部的一种记录，对外公开的范围和影响相对有限。
三、证据不足不起诉与犯罪记录
不起诉原因：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条的规定，对于补充侦查后仍然认为证据不足、不符合起诉条件的案件，检察院应当作出不起诉决定。在交通肇事案件中，若证据无法达到确实、充分的证明标准，无法认定犯罪嫌疑人的行为构成交通肇事罪，则检察院会存疑不起诉。
犯罪记录情况：
- 由于证据不足不能认定犯罪嫌疑人有罪，按照疑罪从无的原则，不会留下犯罪记录。但若后续发现新证据符合起诉条件并提起公诉，最终被判定有罪，则会留下犯罪记录。
四、不起诉后的其他法律后果
- 即使检察院作出不起诉决定，交通肇事者仍需对受害方承担民事赔偿责任，包括但不限于医疗费用、误工费以及可能的精神损害抚慰金等。
- 此外，相关司法机关可能会保留一些与案件有关的内部管理和监督材料，这些材料不对外公开，除非有特定的法律程序或规定要求，否则不会对个人的日常生活产生负面影响。
总结与建议：
交通肇事罪检察院不起诉是否留下犯罪记录，取决于不起诉的具体类型。法定不起诉和证据不足不起诉（在无新证据的情况下）不会留下犯罪记录，而酌定不起诉则会留下犯罪记录。在处理交通肇事案件时，应全面考虑各种因素，确保法律的公正与公平。如果您或您身边的人遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律意见。