如果检察院对交通肇事罪决定不起诉，通常情况下是不会留下案底的，但具体还需根据不起诉的类型来详细分析。以下是详细解释：

一、案底的定义

案底，通常指的是犯罪记录，即某人过去犯法或犯罪行为的正式记录，这些记录一般由法院在判决后形成，并伴随个人终身。在刑事诉讼中，如果案件未经法院审判，或者法院判决无罪，那么就不会形成案底。

二、交通肇事罪不起诉的类型与案底关系

1. 法定不起诉（绝对不起诉）

   • 情形：根据《刑事诉讼法》第十六条的规定，若交通肇事行为存在情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪、犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚、依照刑法告诉才处理的犯罪没有告诉或撤回告诉、犯罪嫌疑人或被告人死亡，以及其他法律规定免予追究刑事责任等情形，检察院会作出法定不起诉决定。
   • 案底情况：由于这些情形下行为本身不被认定为犯罪，因此不会留下案底。

2. 酌定不起诉（相对不起诉）

   • 情形：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。在交通肇事案件中，若肇事行为虽然构成犯罪但情节轻微，如肇事后果较轻、积极赔偿被害人并取得谅解、有自首立功等情节，检察院可能会酌定不起诉。
   • 案底情况：这一点需要特别注意，尽管行为在事实上构成了犯罪，但由于情节轻微且检察院从刑事政策和司法效益等方面考虑作出不起诉决定，按照部分地区的司法实践和理论观点，仍有可能被视为有犯罪记录（即案底），不过这种记录通常不会对外公开，对个人日常生活影响较小。但也有观点认为，酌定不起诉不会留下传统意义上的“案底”，因为案件未经法院审判确认有罪。为确保全面准确，建议以当地司法机关的具体解释和操作为准。

3. 存疑不起诉（证据不足不起诉）

   • 情形：根据《刑事诉讼法》第一百七十五条的规定，对于补充侦查后仍然认为证据不足、不符合起诉条件的案件，检察院应当作出不起诉决定。在交通肇事案件中，若证据无法达到确实、充分的证明标准，无法认定犯罪嫌疑人的行为构成交通肇事罪，则检察院会存疑不起诉。
   • 案底情况：由于证据不足不能认定犯罪嫌疑人有罪，按照疑罪从无的原则，不会留下案底。但若后续发现新证据符合起诉条件并提起公诉，最终被判定有罪，则会留下案底。

三、不起诉后的其他法律后果

• 即使检察院作出不起诉决定，交通肇事者仍需对受害方承担民事赔偿责任，包括但不限于医疗费用、误工费以及可能的精神损害抚慰金等。
• 此外，如果交通肇事行为违反了《道路交通安全法》等相关行政法规，还可能面临行政处罚，如罚款、吊销机动车驾驶证等。这些行政处罚记录会在公安机关留存，并在某些情况下（如申请驾照、求职等）被查询和考虑。

四、建议

• 如果您或您身边的人涉及交通肇事罪案件，且检察院作出了不起诉决定，建议了解具体的不起诉类型，以便更好地评估对个人未来的影响。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律意见。