结论前置：占耕地建厂房，在未经法定审批程序的情况下，是违法的，可能面临严重的法律后果。但在符合特定条件并经过法定审批后，占用耕地建厂房可能被允许。以下是对此问题的详细分析：
一、通常情况下属于违建
法律依据：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》第三十七条的规定，非农业建设必须节约使用土地，可以利用荒地的，不得占用耕地；可以利用劣地的，不得占用好地。同时明确禁止擅自在耕地上建房、建厂房等行为，这一规定强调了对耕地资源的保护，防止其被不合理占用进行非农建设。
违规后果：
- 未经依法批准，擅自在耕地上建设厂房，违反了土地用途管制制度。这种违法行为通常会导致以下后果：
- 被相关部门认定为违法建筑；
- 面临限期拆除、恢复土地原状的处罚；
- 可能被处以罚款等行政处罚；
- 若构成犯罪，如非法占用农用地罪，还将依法追究刑事责任。
二、特殊情况下的合法性
尽管一般情况下占耕地建厂房是违法的，但在以下特殊情况下，经过法定审批程序，占用耕地建厂房可能被允许：
农用地转用审批：
- 若建设者按照法定程序，向相关部门提出申请，并经过农用地转用审批手续以及其他必要的规划、建设审批，将耕地合法转变为建设用地，则在此土地上建设厂房不属于违建。
特殊项目需求：
- 因国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目需要，经有批准权的人民政府批准后，可以将耕地转为建设用地用于建设相关的厂房或设施。这种情况下，建设行为是合法的。
农村地区特殊情况：
- 在农村地区，建设农村村民住宅、乡镇企业、乡村公共设施和公益事业等，若经依法批准使用本集体经济组织农民集体所有土地，并按照相关规定办理审批手续后，也可以在符合要求的土地上建设相关建筑。但需注意，这并不意味着可以随意占用耕地，仍需严格遵守土地利用总体规划和相关审批程序。
三、建议与风险提示
咨询当地自然资源部门：
- 在决定是否在耕地上建设厂房前，务必咨询当地的自然资源部门，了解具体的政策和审批要求，以避免因违法建设而带来不必要的损失。
遵守法律法规：
- 严格遵守土地管理法律法规，不擅自改变土地用途，确保建设行为的合法性。
风险防范：
- 对于可能存在的法律风险，如政策变化、审批流程复杂等，应提前进行风险评估和应对准备。若已存在违法占用情况，建议立即停止违法行为，主动向当地自然资源主管部门报告，并积极配合调查和处理，以减轻或免除可能的处罚。
总结：占耕地建厂房的合法性取决于是否经过法定程序的审批和是否符合土地利用总体规划。未经批准擅自建设将面临严重的法律后果，因此建议建设单位或个人在决策前充分了解相关法律法规和政策要求，确保建设行为的合法性。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。