是的，在多数情况下，交了农民工工资保证金是办理施工许可证的前提条件之一，但并非绝对，具体需结合地方规定及项目性质判断。以下从不同角度详细说明：

1. 法律依据与普遍要求

根据《保障农民工工资支付条例》（国务院令第724号）及各地实施细则，建设单位或施工单位需按规定存储工资保证金，作为预防拖欠农民工工资的专项资金。多数地方（如江苏、广东、四川等）明确将“已存储工资保证金”列为办理施工许可证的必备材料之一，未缴纳可能导致审批受阻。

2. 地方性差异与例外情形

• 免缴或缓缴情形：部分地区对符合条件的企业（如信用良好、无拖欠记录）允许免缴或以银行保函、工程保证保险替代现金保证金。例如，浙江省规定，连续3年未拖欠工资的企业可免缴保证金。
• 项目性质差异：政府投资项目、国有企业项目可能被要求更严格的保证金制度；而小型工程或农村自建房可能豁免此要求。
• 地方政策更新：需关注当地最新规定，如部分城市试点“先开工后缴保证金”或“按项目进度分期缴纳”。

3. 未缴纳的法律后果

若未按规定缴纳保证金且未获豁免，可能面临：

• 施工许可证无法办理：住建部门可依据《建筑工程施工许可管理办法》拒绝发证；
• 行政处罚：包括责令限期改正、罚款（通常为工程合同价款的1%-2%）；
• 信用惩戒：拖欠工资或未缴保证金的企业可能被列入“黑名单”，影响后续项目投标。

4. 实务建议

• 提前咨询当地住建部门：确认具体要求（如缴纳比例、方式、豁免条件）；
• 准备替代材料：若符合免缴条件，需提供信用证明、银行保函等文件；
• 关注政策动态：部分地区正推行“保证金+保险”双轨制，可降低企业资金压力。

如有进一步疑问（如具体地区政策、保证金计算方式等），可直接向我咨询，我会结合您的项目情况提供详细解答。