诊所老板克扣员工工资，主要由劳动行政部门进行管理。以下是详细分析：

法律依据与部门职责

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动行政部门（通常是当地的劳动和社会保障局或人力资源和社会保障局）负责监督用人单位遵守劳动法律法规的情况，包括工资支付、工作时间、休息休假等。当诊所老板克扣员工工资时，员工可以向当地的劳动行政部门投诉，劳动行政部门有权进行调查，并根据调查结果对用人单位进行处罚，如责令支付工资、罚款等。

投诉流程与注意事项

1. 收集证据：在投诉前，员工应尽可能收集与工资支付相关的证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同等，以证明自己的工资被克扣。
2. 提交投诉：员工可以向当地的劳动行政部门提交书面投诉，详细说明被克扣工资的情况，并附上相关证据。
3. 等待调查与处理：劳动行政部门在收到投诉后，会进行调查核实。如果确认用人单位存在克扣工资的行为，劳动行政部门会依法进行处理，并要求用人单位支付被克扣的工资。

其他救济途径

除了向劳动行政部门投诉外，员工还可以考虑以下救济途径：

1. 劳动仲裁：如果员工与用人单位之间的争议无法通过协商解决，员工可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会会根据双方提供的证据和法律规定，作出裁决。
2. 民事诉讼：如果员工对劳动仲裁结果不满意，或者用人单位不履行劳动仲裁裁决，员工可以向人民法院提起民事诉讼，要求用人单位支付被克扣的工资及可能的赔偿。

法律后果与风险提示

1. 法律后果：用人单位克扣员工工资，不仅可能面临劳动行政部门的处罚，还可能被要求支付赔偿金。如果情节严重，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
2. 风险提示：员工在维护自己权益的过程中，应注意保留好相关证据，避免与用人单位发生直接冲突。同时，员工也应了解自己的权利和义务，合理合法地维护自己的权益。

总结来说，诊所老板克扣员工工资，员工应首先向当地的劳动行政部门投诉，并收集好相关证据。如果问题无法得到解决，员工还可以考虑劳动仲裁和民事诉讼等救济途径。在处理此类问题时，员工应了解自己的权利和义务，合理合法地维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。