医药公司让医生开药拿回扣的行为，主要由卫生健康行政部门、市场监督管理部门以及公安机关等部门依据各自职责进行管理。具体来说：

1. 卫生健康行政部门：

   • 职责：卫生健康行政部门是医疗卫生行业的主管部门，负责监管医疗机构的医疗行为、医务人员的执业行为等。
   • 管理方式：对于医药公司让医生开药拿回扣的行为，卫生健康行政部门可以依据相关法律法规，对涉事医疗机构和医务人员进行行政处罚，如警告、罚款、吊销执业证书等。同时，还可以将相关线索移送至其他部门进行进一步处理。

2. 市场监督管理部门：

   • 职责：市场监督管理部门负责监管市场秩序，包括打击商业贿赂等不正当竞争行为。
   • 管理方式：对于医药公司通过给予回扣等不正当手段促进药品销售的行为，市场监督管理部门可以依据《反不正当竞争法》等相关法律法规进行查处，对涉事医药公司进行罚款、没收违法所得等行政处罚，并可以吊销其营业执照等。

3. 公安机关：

   • 职责：公安机关负责打击犯罪行为，包括商业贿赂犯罪等。
   • 管理方式：如果医药公司让医生开药拿回扣的行为涉嫌犯罪，如构成非国家工作人员受贿罪或对非国家工作人员行贿罪等，公安机关将依法进行立案侦查，追究相关人员的刑事责任。

额外提醒：

• 医药公司让医生开药拿回扣的行为不仅违反了法律法规，也损害了患者的利益和医疗行业的声誉。因此，各相关部门应加强协作，共同打击此类行为。
• 如果您发现此类行为，可以向当地卫生健康行政部门、市场监督管理部门或公安机关进行举报，相关部门将依法进行调查处理。

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