用工单位一般不允许查两对半指标，这一做法主要基于保护劳动者的隐私权和平等就业权。以下从不同角度为你详细分析：
法律背景
隐私权保护：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，自然人享有隐私权，任何组织或者个人不得以刺探、侵扰、泄露、公开等方式侵害他人的隐私权。两对半指标（即乙肝五项检查）属于个人隐私范畴，用工单位未经劳动者同意，无权要求劳动者进行此类检查，更不得将检查结果作为录用或解雇的依据。
平等就业权保障：
- 《中华人民共和国就业促进法》明确规定，劳动者享有平等就业和选择职业的权利，不因民族、种族、性别、宗教信仰等不同而受歧视。用工单位不得以劳动者携带乙肝病毒等为由拒绝录用或解雇，这是保障劳动者平等就业权的重要体现。
实际操作中的注意事项
用工单位行为限制：
- 用工单位在招聘过程中，应严格遵守法律法规，不得要求劳动者进行与工作无关的体检项目，如两对半检查。若用工单位违反此规定，劳动者有权拒绝并可以向相关部门投诉。
劳动者权益保护：
- 劳动者在面对用工单位的不合理要求时，应勇敢维护自己的合法权益。若用工单位以劳动者携带乙肝病毒等为由拒绝录用或解雇，劳动者可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用工单位承担相应的法律责任。
特殊行业例外：
- 需要注意的是，虽然一般情况下用工单位不得要求劳动者进行两对半检查，但在某些特殊行业，如食品加工、餐饮服务等，可能因行业特殊要求而需要进行相关健康检查。但即便如此，用工单位也应确保检查项目的合法性和必要性，并严格保护劳动者的隐私权。
法律后果
若用工单位违反规定，要求劳动者进行两对半检查或以此为由拒绝录用、解雇劳动者，将可能面临以下法律后果：
- 行政处罚：相关部门可对用工单位进行行政处罚，如罚款、责令改正等。
- 民事赔偿：劳动者有权要求用工单位承担因侵权行为造成的损失，包括精神损害赔偿等。
- 劳动争议仲裁或诉讼：劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求用工单位承担相应的法律责任。
建议：作为劳动者，在面对用工单位的不合理要求时，应勇敢站出来维护自己的合法权益。若遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。