结论：加盖合同章在协议约定自双方盖章之日起生效的情况下，通常是有效的。但具体效力还需结合合同内容、盖章行为的具体情况以及相关法律法规进行综合判断。
分析说明：
合同章的法律效力：
- 合同章是单位在签订合同时使用的专用章，具有代表单位签订合同的法律效力。在协议中明确约定“自双方盖章之日起生效”的情况下，加盖合同章即表示单位对合同内容的认可和接受，合同因此产生法律效力。
盖章行为的具体情况：
- 盖章的真实性：必须确保所盖的合同章是真实有效的，而非伪造或变造的。如果合同章是伪造的，那么该盖章行为将不具有法律效力，合同也不会因此生效。
- 盖章人的权限：盖章人必须具有代表单位签订合同的权限。如果盖章人未经授权或超越权限盖章，那么该盖章行为可能无效，除非单位事后追认。
- 盖章的完整性：合同上的盖章应当清晰、完整，能够明确识别出是单位的合同章。如果盖章模糊不清或存在瑕疵，可能会影响合同的效力。
相关法律法规：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。因此，在协议约定自双方盖章之日起生效的情况下，加盖合同章是合同生效的重要条件之一。
特殊场景下的考量：
- 合同内容违法或违背公序良俗：即使合同加盖了合同章，但如果合同内容违法或违背公序良俗，那么该合同将无效。
- 合同存在重大误解或欺诈：如果合同是在重大误解或欺诈的情况下签订的，那么受损害方有权请求人民法院或仲裁机构撤销合同。在这种情况下，即使合同已经加盖了合同章，也可能因为撤销而失去效力。
建议与行动指南：
- 确保盖章的真实性和完整性：在签订合同时，务必确保所盖的合同章是真实有效的，并且盖章清晰、完整。
- 核实盖章人的权限：在盖章前，应当核实盖章人是否具有代表单位签订合同的权限，以避免因权限问题导致的合同无效。
- 仔细审查合同内容：在签订合同前，应当仔细审查合同内容，确保合同内容合法、合规，并且符合双方的真实意愿。
- 保留相关证据：在签订合同过程中，应当保留好相关证据，如盖章记录、授权委托书等，以备不时之需。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。