结论：合同中约定签字生效，但实际仅加盖印章的，合同仍然可能有效。其有效性需结合具体的合同约定、相关法律法规的规定以及实际情况进行综合判断。

详细分析：

1. 法律基础与合同成立条件：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这表明，“签字、盖章”在法律上是选择关系，并非必须同时具备，任何一项的完成都足以使合同成立。因此，即便合同中约定签字生效，但实际仅加盖印章，合同仍然可能成立并生效。

2. 合同约定与实际履行的关系：

   • 如果合同中仅提及“签字生效”，但未明确排除盖章作为生效方式，且在实际履行过程中，一方已经履行了合同的主要义务，对方也接受了，那么根据《民法典》的规定，该合同仍被视为成立并生效。这是因为，合同的本质在于双方的意思表示一致，而实际履行行为可以视为对合同内容的认可和接受。

3. 特殊情况下的合同效力：

   • 盖章主体与印章真伪：如果盖章并非合同约定主体所盖，或者印章存在伪造等情形，那么合同的效力将受到严重影响。在这种情况下，需要结合具体证据和事实来认定合同的效力，可能涉及印章鉴定、主体资格审查等程序。
   • 意思表示真实性：合同的有效性还取决于双方意思表示的真实性。如果一方在加盖印章时存在欺诈、胁迫等情形，导致对方在违背真实意思的情况下签订合同，那么受欺诈方或受胁迫方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该合同。

4. 实践建议：

   • 明确约定生效条件：为避免后续纠纷的发生，建议在签订合同时，双方应明确约定生效条件及签字盖章事宜。这包括但不限于明确是“签字或盖章”还是“签字并盖章”生效，以及盖章的具体要求（如盖章主体、印章类型等）。
   • 审查对方资格与印章：在签订合同前，应仔细审查对方的民事行为能力、合同内容的合法性以及盖章主体的权限和印章的真伪。这有助于降低合同无效的风险，保障自身的合法权益。

总结与建议： 合同中约定签字生效但实际仅加盖印章的，合同仍然可能有效。其有效性取决于具体的合同约定、相关法律法规的规定以及实际情况。为避免后续纠纷，建议在签订合同时明确约定生效条件及签字盖章事宜，并在签订前仔细审查对方的资格和印章。如果遇到复杂的法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。