针对您提出的“合同约定签字生效，法人主体盖章是否有效”的问题，我们需要从多个角度进行综合分析。
首先，从法律基础来看，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这里明确指出了“签字、盖章”在法律上是选择关系，即任何一项的完成都足以使合同成立。因此，在合同仅约定签字生效的情况下，如果法人主体进行了盖章，这一行为在法律上是可以被视为合同成立的一种有效方式。
然而，我们还需要考虑合同的具体约定。如果合同中明确且仅提及“签字生效”，并未提及盖章，那么从合同字面意思上看，盖章可能不是合同生效的必要条件。但值得注意的是，在实际商业实践中，很多合同会同时约定签字和盖章作为生效条件，以增加合同的正式性和严谨性。如果合同中有这样的约定，那么仅盖章可能不足以使合同生效，除非双方对此有特别的理解或后续有补充协议。
另外，我们还需要关注盖章主体的权限以及印章的真伪。如果盖章并非由合同约定的法人主体或其授权代表所盖，或者印章存在伪造等情形，那么合同的效力将受到严重影响。在这种情况下，即使合同约定了签字生效，盖章也可能因为主体或印章的问题而无效。
此外，即使合同未同时满足签字和盖章的条件，但如果一方已经履行了合同的主要义务，且对方已接受，根据《民法典》的规定，该合同仍可能被视为成立并生效。这是基于实际履行原则，即双方通过实际行为表明了对合同的认可和接受。
总结与建议：
综上所述，合同约定签字生效时，法人主体盖章的效力并非绝对，而是需根据具体情况进行综合判断。在签订合同时，务必仔细审查合同内容，并咨询专业律师以确保合同的合法性和有效性。