结论：工程完工未验收但甲方已经使用的情况下，仍然建议进行验收，且使用后的责任缺陷保修等责任归属需根据具体情况判断。
一、关于是否需要验收
法律层面：
- 根据《中华人民共和国建筑法》及相关规定，工程完工后应当进行验收，这是确保工程质量符合标准、保障各方权益的重要环节。验收合格是工程交付使用的前提条件。
- 即便甲方已经实际使用工程，这并不改变验收的法定性和必要性。验收可以明确工程的质量状况，为后续的责任划分提供依据。
实践层面：
- 验收过程可以发现并记录工程中存在的问题，为后续的维修、整改提供明确的方向。
- 如果未经验收而直接使用，一旦工程出现质量问题，可能因缺乏验收记录而难以确定责任归属，增加纠纷解决的成本和难度。
二、关于使用后的责任缺陷保修等责任归属
保修责任：
- 根据《建设工程质量管理条例》及相关规定，施工单位对建设工程的质量在保修范围内和保修期限内承担保修责任。
- 如果工程在保修期内出现质量问题，且该问题属于施工单位的责任范围，那么施工单位应当负责维修并承担相应费用。
责任划分：
- 如果工程未经验收而甲方已经使用，且在使用过程中发现质量问题，那么需要分析问题的原因和责任归属。
- 如果问题是由于施工单位的原因造成的，如施工质量不达标、使用不合格材料等，那么施工单位应当承担保修责任。
- 如果问题是由于甲方的原因造成的，如使用不当、擅自改动工程结构等，那么甲方应当自行承担维修费用，并可能需要对施工单位因此遭受的损失进行赔偿。
- 在某些情况下，如果问题难以明确划分责任，可能需要通过法律途径进行解决，如诉讼或仲裁等。
三、建议
尽快组织验收：
- 尽管甲方已经使用工程，但建议尽快组织验收，以明确工程的质量状况，为后续的责任划分提供依据。
保留相关证据：
- 在验收过程中，应详细记录工程的质量状况，包括存在的问题和整改建议等。
- 同时，应保留好与工程相关的所有文件和资料，如施工合同、设计图纸、变更通知等，以备不时之需。
及时沟通协商：
- 如果在使用过程中发现质量问题，应及时与施工单位沟通协商，明确责任归属和维修方案。
- 如果无法达成一致意见，可以考虑通过法律途径进行解决。
作为陈文杰律师，我专注于刑事辩护和合同纠纷领域，对于建设工程方面的法律问题也有深入的了解。如果您有任何关于建设工程方面的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。