结论：用人单位书面做出的拖欠工资的欠条即使约定了由法院管辖，劳动者仍然可以选择提起劳动仲裁。
分析说明：
劳动仲裁的独立性：
- 劳动仲裁是解决劳动争议的一种独立方式，其存在并不依赖于双方是否约定了法院管辖。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动者与用人单位之间因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议，均可以申请劳动仲裁。
欠条的法律性质：
- 欠条是用人单位承认拖欠工资的书面证据，它证明了双方之间存在劳动报酬的争议。这种争议属于劳动仲裁的受理范围，无论欠条中是否约定了法院管辖，都不影响劳动者选择劳动仲裁作为解决争议的方式。
法院管辖约定的效力：
- 虽然欠条中可能约定了由法院管辖，但这并不排除劳动者选择劳动仲裁的权利。法院管辖的约定主要适用于双方已经就争议解决方式达成一致，且该约定不违反法律强制性规定的情况。然而，在劳动争议中，劳动者有权选择更便捷、更经济的劳动仲裁方式来解决争议。
实际操作建议：
- 如果劳动者选择提起劳动仲裁，应准备相关证据材料，如欠条、工资单、劳动合同等，以证明用人单位拖欠工资的事实。同时，劳动者应了解劳动仲裁的流程和规定，确保自己的权益得到充分保障。
- 如果劳动者在劳动仲裁后仍不满意结果，或者用人单位不履行劳动仲裁裁决，劳动者还可以选择向法院提起诉讼。但在此之前，劳动仲裁是必经程序（除非双方另有约定或法律另有规定）。
特殊情况说明：
- 如果欠条中明确约定了“双方同意因本欠条产生的争议由法院管辖，且放弃劳动仲裁的权利”，并且这种约定不违反法律的强制性规定，那么在这种情况下，劳动者可能无法直接提起劳动仲裁，而需要按照约定向法院提起诉讼。但这种情况较为特殊，且需要具体分析欠条的条款和法律规定。
行动建议：
- 如果你作为劳动者遇到了用人单位拖欠工资的情况，并且收到了用人单位书面做出的欠条，无论欠条中是否约定了法院管辖，你都可以考虑提起劳动仲裁来维护自己的权益。
- 在提起劳动仲裁前，建议你先收集相关证据材料，并了解劳动仲裁的流程和规定。如果你对劳动仲裁的流程或法律规定不熟悉，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。