在综合工时制下，如果员工当月的工时在扣除病假工时后仍然超出了规定的工时，那么收入的计算会涉及几个关键步骤和考虑因素。以下是一个详细且清晰的解答：

一、基本计算原则

1. 正常出勤工资基准：

   • 首先，需要确定员工在综合计算周期内的平均日工资或小时工资。这通常是通过将员工在综合周期内的应发工资总额除以计薪天数或总法定工时来计算的。
   • 公式示例：平均日工资 = 综合周期内应发工资总额 ÷ 计薪天数（月计薪天数通常为21.75天）；或平均小时工资 = 应发工资总额 ÷ 总法定工时（如167小时/月，具体根据当地规定）。

2. 病假工资比例：

   • 病假工资的比例通常受到当地最低工资标准的限制，不得低于当地最低工资标准的80%（具体比例可能因地方规定而异）。
   • 如果企业制度规定了更高的病假工资比例（如60%-100%），则应按照企业制度执行。

3. 超出工时的工资计算：

   • 对于超出规定工时的部分，应按照加班工资的计算方式来支付。这通常意味着超出工时的工资会是正常工资的1.5倍（工作日加班）或2倍（周末加班，如果未安排补休）或3倍（法定节假日加班）。

二、具体计算步骤

1. 计算病假工资：

   • 使用上述的平均日工资或小时工资，乘以病假天数或小时数，再乘以企业规定的病假工资比例。
   • 示例：某员工月工资4000元，请病假3天，企业规定病假工资为80%。则日均工资约为183.91元（4000 ÷ 21.75），病假工资约为441.38元（183.91 × 3 × 80%）。

2. 计算超出工时的工资：

   • 首先确定超出工时的数量。
   • 然后，根据超出工时发生在工作日、周末还是法定节假日，分别按照1.5倍、2倍或3倍的正常工资计算超出工时的工资。

3. 汇总总收入：

   • 将正常出勤工资（扣除病假工资后的部分，如果有的话）、病假工资和超出工时的工资相加，得到员工当月的总收入。

三、特殊情况考虑

1. 医疗期与累计工龄：

   • 根据员工的实际工作年限和本单位工作年限，确定其医疗期时长。这可能影响病假工资的计算和支付。

2. 津贴与补贴：

   • 与出勤挂钩的津贴（如交通补贴）在病假期间通常停发。
   • 固定福利（如工龄津贴）则一般保留。

3. 地方差异：

   • 不同地区对于病假工资和加班工资的计算可能有具体规定，应确保遵守当地法律法规。

四、合规建议

1. 明确企业制度：

   • 通过劳动合同或员工手册明确病假工资和加班工资的计算规则，确保程序合法。

2. 证据留存：

   • 要求员工提供医疗机构证明以支持病假申请，避免虚假病假争议。

3. 法律咨询：

   • 对于复杂案例（如长期医疗期或大量加班），建议咨询劳动法律师以降低风险。

综上所述，在综合工时制下，员工当月工时扣除病假工时后仍超出规定工时的收入计算，需要综合考虑正常出勤工资、病假工资和超出工时的工资等多个因素。企业应确保遵守相关法律法规，并明确企业制度以规范计算过程。