永久基本农田种树的问题，主要由农业农村部门和自然资源部门负责管理。以下从不同角度为你详细分析：
一、管理部门的职责划分
农业农村部门：
- 农业农村部门负责指导永久基本农田的种植结构调整，确保农田的农业用途不被改变。
- 如果发现有人在永久基本农田上种树，农业农村部门有权进行制止，并要求恢复农田的原状。
自然资源部门：
- 自然资源部门负责土地资源的保护和合理利用，包括永久基本农田的保护。
- 他们会对永久基本农田的使用情况进行监管，如果发现违规种树等行为，会依法进行处罚，并要求整改。
二、相关法律法规依据
- 《中华人民共和国土地管理法》：该法明确规定了永久基本农田的保护制度，禁止任何单位和个人占用永久基本农田发展林果业或者挖塘养鱼。
- 《基本农田保护条例》：该条例也强调了永久基本农田的农业用途，对违规改变用途的行为设定了相应的法律责任。
三、违规种树的法律后果
行政处罚：
- 如果有人在永久基本农田上种树，可能会面临自然资源部门的行政处罚，包括罚款、责令恢复原状等。
刑事责任：
- 在严重情况下，如果违规种树行为导致了永久基本农田的严重破坏，可能构成犯罪，需要承担刑事责任。
四、实际案例与操作建议
- 实际案例：在实际操作中，已经有多起因在永久基本农田上种树而被处罚的案例。这些案例通常涉及较大的土地面积和明显的违规行为，处罚力度也相对较大。
- 操作建议：
- 如果你发现有人在永久基本农田上种树，可以先向当地的农业农村部门或自然资源部门举报。
- 在举报时，提供详细的地点、时间、种树数量等信息，以便相关部门进行调查和处理。
- 同时，你也可以关注相关部门的处理结果，确保违规行为得到及时纠正。
五、特殊情况处理
- 如果确实需要在永久基本农田附近进行绿化或造林活动，应该提前向相关部门申请并获得批准。
- 在获得批准后，也要严格按照规定的范围和方式进行种植，确保不破坏永久基本农田的农业用途。
总结来说，永久基本农田种树的问题主要由农业农村部门和自然资源部门负责管理。如果发现违规行为，可以向这些部门举报并要求处理。同时，也要了解相关法律法规和处罚措施，以便更好地维护自己的合法权益和公共利益。如果你有任何关于房产问题（包括农村土地/宅基地）的法律疑问，可以直接向我咨询。