结论前置：在合同中明确约定了仲裁条款的情况下，一般不能直接向人民法院起诉，但存在仲裁协议无效或仲裁裁决被撤销、不予执行等特殊情况时，可以向法院提起诉讼。以下是对这一问题的详细分析：
一、合同约定仲裁的一般原则
根据《中华人民共和国仲裁法》第五条的规定：“当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。”这一条款确立了仲裁协议排除司法管辖的基本原则。也就是说，如果合同中明确约定了仲裁条款，那么当事人应当通过仲裁方式解决争议，而不能直接向法院提起诉讼。
二、可以直接向法院起诉的特殊情况
仲裁协议无效：
- 根据《仲裁法》的相关规定，若仲裁协议存在以下情形之一，将被认定为无效：约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围；无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议；一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等。
- 当仲裁协议被认定无效时，当事人有权向有管辖权的法院提起诉讼，以解决争议。例如，如果合同中的仲裁条款因未明确仲裁机构而被认定无效，那么双方就可以直接向法院起诉。
仲裁裁决被撤销或不予执行：
- 仲裁裁决作出后，如果当事人有证据证明该裁决存在法定可撤销或不予执行的情形（如没有仲裁协议、裁决的事项不属于仲裁协议的范围或仲裁委员会无权仲裁、仲裁庭的组成或仲裁程序违反法定程序等），可以向法院申请撤销仲裁裁决或申请不予执行仲裁裁决。
- 若仲裁裁决被法院撤销或不予执行，当事人可以就该纠纷向法院提起诉讼，以寻求司法救济。
三、实务操作建议
审查仲裁协议有效性：
- 在签订合同时，务必仔细审查仲裁条款，确保其明确、合法，并符合双方的真实意愿。
- 如果发现仲裁条款存在模糊或不明确的地方，应及时与对方协商补充或修改，以避免后续可能出现的纠纷。
遵守程序要求：
- 如果合同中存在有效的仲裁协议，那么当事人应当按照协议约定向选定的仲裁委员会提交申请，并遵守仲裁程序的相关规定。
- 在仲裁过程中，应积极配合仲裁庭的工作，提供必要的证据和材料，以确保仲裁结果的公正性和合法性。
关注时效问题：
- 无论是仲裁还是诉讼，都存在一定的时效限制。因此，当事人在发现争议后应及时采取行动，以免因超过时效而丧失胜诉权。
四、典型案例说明
- 案例1：甲公司与乙公司签订买卖合同并约定仲裁条款。发生纠纷后甲公司直接起诉至法院，法院以存在有效仲裁协议为由裁定不予受理。后甲公司向选定的仲裁委员会提交申请并获得了仲裁裁决。
- 案例2：丙与丁的借款合同中仲裁条款因未明确仲裁机构被认定无效。双方因此直接向法院起诉并获得了法院判决。
总结与提醒：在合同纠纷中，如果双方已明确约定了仲裁条款，那么一般应通过仲裁方式解决争议。但在存在仲裁协议无效或仲裁裁决被撤销、不予执行等特殊情况时，可以向法院提起诉讼。因此，在处理合同纠纷时，请务必仔细审查合同中的仲裁条款，并根据实际情况选择合适的争议解决方式。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。