结论前置：签订合同后不能胜任工作，且两个月后怀孕，一般情况下用人单位不能直接辞退该员工，但存在特定情形时用人单位可以依法解除劳动合同。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况下用人单位不得辞退
基于“三期”女职工的特殊保护：
- 根据《中华人民共和国劳动法》《中华人民共和国劳动合同法》以及相关法律法规的规定，女职工在孕期、产期、哺乳期（简称“三期”）内，用人单位不得随意解除劳动合同。这是为了保障女职工在特殊生理时期的合法权益，确保其能够安心休养和照顾新生儿。
- 在您描述的情况中，员工在签订合同后不能胜任工作，但两个月后怀孕，此时该员工已进入孕期，用人单位不得仅因其不能胜任工作而直接辞退。
不能胜任工作的处理程序：
- 如果员工确实不能胜任工作，用人单位应当按照法定程序进行处理。这通常包括提供培训或者调整工作岗位，如果员工仍然不能胜任工作，用人单位可以提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。
- 但这一程序在“三期”女职工身上并不适用，因为“三期”女职工受到法律的特殊保护。
二、特定情形下用人单位可以依法解除劳动合同
严重违反用人单位规章制度：
- 如果“三期”女职工严重违反用人单位的规章制度，用人单位可以依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定解除劳动合同。但这一情形需要用人单位有充分的证据证明员工确实存在严重违反规章制度的行为。
严重失职、营私舞弊给用人单位造成重大损害：
- 如果“三期”女职工因严重失职或营私舞弊行为给用人单位造成了重大损害，用人单位同样可以依法解除劳动合同。但这一情形的认定也需要用人单位提供充分的证据。
被依法追究刑事责任：
- 如果“三期”女职工被依法追究刑事责任，用人单位可以依据法律规定解除劳动合同。
三、法律建议
对于用人单位：
- 在处理“三期”女职工的劳动合同问题时，应当严格遵守法律法规的规定，不得随意解除劳动合同。
- 如果确实需要解除劳动合同，应当确保存在法定情形，并按照法定程序进行处理，以避免法律风险。
对于员工：
- 如果您作为“三期”女职工遇到用人单位违法解除劳动合同的情况，可以依法向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁，或者向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
- 同时，建议您在孕期、产期、哺乳期内保持与用人单位的沟通，及时了解自己的权益和义务，避免不必要的纠纷。
最后，如果您在劳动工伤或合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。