结论前置：怀孕女职工不能胜任工作时，用人单位不能直接解除劳动合同，而需遵循严格的法律规定和程序。仅在特定且严格限定的条件下，用人单位才有权解除与怀孕女职工的劳动合同。以下是对此问题的详细分析：
法律对怀孕女职工的特殊保护
《劳动合同法》第四十二条明确规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得依照该法第四十条（无过失性辞退）、第四十一条（经济性裁员）的规定解除劳动合同。这意味着，仅因怀孕女职工不能胜任工作，用人单位不能直接解除合同，这是法律对怀孕女职工的特殊保护。
《女职工劳动保护特别规定》第五条进一步强调，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退或与其解除劳动/聘用合同，这确保了怀孕女职工在工作稳定性方面的权益。
《女职工劳动保护特别规定》第六条指出，女职工在孕期不能适应原劳动的，用人单位应根据医疗机构的证明，减轻劳动量或安排其他能够适应的劳动，这为调整工作岗位或劳动量提供了明确的法律依据。
合法解除的条件与程序（极为严格且受限）
尽管法律对怀孕女职工有特殊保护，但在某些极端且特定的情况下，用人单位仍可能解除劳动合同，但必须满足以下所有条件：
证明不能胜任工作：用人单位需有充分且确凿的证据证明女职工不能胜任工作，这包括明确的岗位职责标准以及不符合标准的客观证据，如绩效考核记录、工作失误造成的具体损失等。
培训或调岗：若证明女职工不能胜任，用人单位应先进行培训或调整工作岗位。培训需具有针对性且合理，旨在提升女职工的工作能力；调岗应具有合理性，充分考虑女职工的身体状况、技能水平和工资待遇等因素，确保新岗位与原岗位在性质、劳动强度及工资待遇上基本相当。
再次评估与解除：经过培训或调岗后，用人单位需再次评估女职工的工作表现。若仍不能胜任，用人单位可提前三十日以书面形式通知女职工本人或额外支付一个月工资后，解除劳动合同，并按工作年限支付经济补偿。但需注意，这一步骤在怀孕女职工的情况下极为罕见且难以实现，因为法律对怀孕女职工的保护极为严格。
特殊情况与处理（几乎不构成解除合同的合法理由）
若女职工存在《劳动合同法》第三十九条规定的严重违反规章制度、严重失职或给企业造成重大损失等情形，用人单位虽可依法解除劳动合同且无需支付经济补偿金，但在实际操作中，这些情形几乎不可能与怀孕女职工不能胜任工作直接相关，且用人单位需承担极高的举证责任。
违法解除的后果与建议措施
后果：若用人单位违法解除与怀孕女职工的劳动合同，女职工可依据《劳动合同法》第八十七条申请劳动仲裁，要求纠正错误、继续履行合同或按经济补偿标准的二倍支付赔偿金。
建议措施：
总结与提醒：用人单位在处理怀孕女职工不能胜任工作的问题时，必须严格遵循法律规定和程序，确保女职工的合法权益不受侵害。同时，怀孕女职工也应了解自己的权利，并在必要时通过合法途径积极维护自身权益。如果你有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。