结论：在员工签订一年期劳动合同，两个月不能胜任工作但怀孕的情况下，用人单位一般不能辞退该员工。

分析如下：

1. 孕期女职工的特殊保护：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条的规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。这意味着，在怀孕期间，公司不能因员工不能胜任工作等原因单方面解除劳动合同。

2. 不能胜任工作的处理流程：

   • 即便员工不能胜任工作，根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条的规定，用人单位也需要先对员工进行培训或者调整工作岗位，如果员工仍不能胜任工作的，用人单位才可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后解除劳动合同。但在孕期这一特殊情况下，这一流程并不适用，因为孕期女职工受到法律的特殊保护。

3. 违法解除劳动合同的后果：

   • 如果用人单位违反法律规定，在孕期解除与女职工的劳动合同，女职工有权要求用人单位继续履行原劳动合同或者支付经济补偿金。如果用人单位因此违法解除或者终止劳动合同，女职工还可以要求用人单位支付赔偿金，赔偿金是经济补偿金的二倍。

建议：

• 对于用人单位而言，应当严格遵守法律规定，不得在孕期解除与女职工的劳动合同。如果女职工确实不能胜任工作，可以考虑调整其工作岗位或者进行培训，但必须确保这些措施不会损害女职工的合法权益。
• 对于女职工而言，如果用人单位违反法律规定试图解除劳动合同，应当及时向用人单位指出并要求其纠正。如果用人单位不予理会，女职工可以向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁，或者向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

总结：在员工怀孕期间，用人单位受到法律的严格限制，不能随意解除劳动合同。如果用人单位违反这一规定，将面临法律责任。因此，在处理类似情况时，用人单位应当谨慎行事，确保自己的行为符合法律规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。