质保金扣回是否包含变更部分，需根据合同具体约定及法律规定综合判断，通常存在两种情形：

1. 合同明确约定变更部分纳入质保金扣回范围
   若建设工程合同中明确约定“质保金扣回范围包括工程变更部分”，则发包方有权按约定从质保金中扣除变更部分的款项。例如，合同约定“质保金为结算价的5%，包含设计变更、签证等增加或减少的工程内容”，此时变更部分必然纳入质保金扣回范围。
   法律依据：根据《民法典》第五百一十条，合同生效后，当事人就质量、价款等未约定或约定不明的，可协议补充；无法补充的，按合同相关条款或交易习惯确定。若合同已明确约定，则直接适用约定。

2. 合同未明确约定变更部分是否纳入质保金扣回范围
   若合同未明确约定，则需结合以下因素判断：

   • 变更性质：若变更属于发包方责任（如设计错误导致返工），通常不应从承包方质保金中扣除；若变更属于承包方责任（如施工质量不达标需整改），则可能纳入扣回范围。
     
   • 行业惯例：建设工程领域通常认为，质保金仅针对合同原约定工程范围的质量保证，变更部分若未明确纳入，一般不纳入扣回范围。但若变更导致工程总价款增加，部分法院可能支持按比例调整质保金金额。
     
   • 公平原则：根据《民法典》第六条，民事主体从事民事活动应遵循公平原则。若变更部分已通过签证、结算等方式单独支付，再从质保金中扣除可能显失公平，此时承包方可主张排除。
     

法律建议：

• 对承包方：签订合同时应明确约定“质保金扣回范围仅限于合同原约定工程内容，不包括变更部分”，避免争议；若合同未约定，变更签证时应注明“此变更不涉及质保金扣回”。
  
• 对发包方：若希望将变更部分纳入质保金扣回范围，需在合同中明确约定，并在变更签证时要求承包方确认；若合同未约定，变更签证时应注明“此变更费用从质保金中扣除”。
  

风险提示：
若合同未明确约定且双方无法达成补充协议，可能引发诉讼。法院可能根据变更原因、行业惯例、公平原则等因素综合判断，导致结果具有不确定性。因此，建议通过合同条款明确约定，降低法律风险。

如有进一步疑问或需具体合同条款审查，可直接向我咨询。