关于“变更的钱要不要扣质保金”的问题，结论需视具体情况而定，但核心原则是：质保金的扣除应与变更事项是否影响工程质量或合同义务直接相关。以下从不同角度展开分析：

1. 合同有明确约定时：优先按合同执行

• 若建设工程施工合同中已明确约定“变更部分款项需扣除质保金”，或约定“质保金按最终结算价的一定比例计提”，则变更产生的费用应纳入质保金计算基数。
  例如：合同约定质保金为结算价的5%，原合同价1000万，变更增加200万，则质保金应按1200万×5%=60万扣除。
  
• 关键点：合同条款是双方权利义务的基础，若变更属于合同约定的“工程范围调整”，通常需按比例扣除质保金。

2. 合同无约定时：需区分变更性质

• 情况一：变更不影响工程质量或合同义务
  若变更仅涉及工程量增减、设计优化等，但未改变工程主体结构或使用功能（如墙面涂料颜色变更），且变更部分已通过验收，则无需扣除质保金。
  法律依据：根据《建设工程质量保证金管理办法》第二条，质保金用于保证承包人在缺陷责任期内对工程质量缺陷的维修义务。若变更不涉及质量缺陷风险，质保金不应被扣。

• 情况二：变更导致质量风险增加
  若变更涉及结构安全、使用功能等关键内容（如地基加固、消防系统改造），且变更后需延长缺陷责任期或增加维修义务，则发包方有权要求按变更部分价值的一定比例增补质保金。
  例如：原合同质保金50万，变更增加的工程价款为100万，若变更部分质量风险显著高于原工程，双方可协商增补质保金（如按100万×3%=3万增补）。

3. 实务中的操作建议

• 对承包方：
  
  1. 签订合同时明确约定“变更部分是否计入质保金基数”，避免模糊条款；
     
  2. 变更签证中应注明“变更不涉及质量缺陷责任”或“质保金已按原合同计提”，减少后续争议。
     
• 对发包方：
  
  1. 若变更增加质量风险，应在变更协议中明确“增补质保金比例及支付方式”；
     
  2. 变更验收时，要求承包方提交变更部分的质量保修承诺书，作为质保金扣除的依据。

4. 风险提示

• 若合同未约定且双方无法协商一致，可能引发以下后果：
  
  1. 发包方强行扣留质保金：承包方可依据《民法典》第577条主张违约责任，要求返还多扣款项；
     
  2. 承包方拒绝扣留：发包方可能以“变更部分未履行保修义务”为由拒付工程款，导致诉讼风险。

总结：变更款项是否扣质保金，需结合合同约定、变更性质及质量风险综合判断。建议双方在变更发生时即明确质保金处理方式，避免后期纠纷。如有具体合同条款或变更内容，可进一步向我咨询细节。