关于变更增加的部分是否要扣质保金的问题，这主要取决于合同的具体约定以及相关法律法规的规定，以下分情况讨论：

1. 合同有明确约定的情况：

   • 如果合同中明确规定了变更增加的部分需要扣除质保金，或者对质保金的扣除有具体的计算方式和比例，那么应当按照合同的约定执行。合同是双方意思自治的体现，只要合同内容不违反法律法规的强制性规定，就应当受到法律的保护。
   • 举例：假设合同中约定，工程变更增加的部分，按照变更金额的5%扣除质保金。那么，在发生变更增加时，就应当按照这一比例扣除相应的质保金。

2. 合同没有明确约定的情况：

   • 如果合同中没有对变更增加部分是否扣除质保金进行明确约定，那么就需要根据相关法律法规的规定以及行业惯例来综合判断。
   • 法律法规层面：一般来说，法律法规不会直接规定变更增加部分是否要扣除质保金，但可能会对质保金的性质、用途、扣除条件等做出原则性规定。例如，质保金通常用于保证工程质量，在工程质量出现问题时用于维修或赔偿。如果变更增加的部分与工程质量直接相关，且增加了工程的风险或成本，那么从公平合理的角度出发，扣除一定比例的质保金也是合理的。
   • 行业惯例层面：不同行业、不同地区可能存在不同的行业惯例。如果行业惯例中普遍认为变更增加的部分需要扣除质保金，且这一惯例不违反法律法规的强制性规定，那么也可以作为判断的依据。
   • 实际操作建议：在合同没有明确约定的情况下，建议双方通过协商达成一致意见，并签订补充协议明确变更增加部分是否扣除质保金以及具体的扣除方式和比例。这样可以避免后续产生纠纷，保障双方的合法权益。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果变更增加的部分是由于发包人的原因导致的，且该变更增加了承包人的成本或风险，那么从公平合理的角度出发，发包人可能不应当再扣除或应当减少扣除质保金。
   • 反之，如果变更增加的部分是由于承包人的原因导致的，如设计错误、施工不当等，那么发包人扣除质保金作为对承包人的一种惩罚或补偿也是合理的。

总结与建议：

• 在签订合同时，建议双方对变更增加部分是否扣除质保金以及具体的扣除方式和比例进行明确约定，以避免后续产生纠纷。
• 如果合同中没有明确约定，且双方无法达成一致意见，那么可以根据相关法律法规的规定以及行业惯例来综合判断，并考虑通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决纠纷。
• 在任何情况下，都应当遵循公平合理、诚实信用的原则，保障双方的合法权益。

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