结论：公司无故克扣工资3000元，且持续三年，这一行为是违法的。您有权要求公司补发被克扣的工资，并可能获得额外的经济补偿。
分析：
违法性分析：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。” 公司无故克扣工资，显然违反了这一法律规定。
- 持续三年的克扣行为，不仅违反了单次支付工资的法律规定，更构成了对劳动者权益的长期侵害。
补偿分析：
- 补发工资：您有权要求公司补发这三年中被克扣的3000元工资。这是最直接的补偿方式，旨在恢复您应得的劳动报酬。
- 经济补偿：除了补发工资外，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，如果公司存在违法行为（如无故克扣工资），劳动者在解除劳动合同时，还有权要求公司支付经济补偿。经济补偿的具体数额，通常根据劳动者在公司的工作年限、工资水平等因素确定。虽然您未提及解除劳动合同的情况，但这一规定为您在必要时主张更多权益提供了法律依据。
- 赔偿金：在极端情况下，如果公司的克扣行为给您造成了严重损失（如影响生活、导致疾病等），您还可以考虑要求公司支付赔偿金。不过，这需要您提供充分的证据来证明损失的存在和与公司克扣行为的因果关系。
行动建议：
- 与公司协商：首先，您可以尝试与公司进行协商，要求公司补发工资并给出合理的解释。如果公司愿意配合，这将是最快捷、最经济的解决方式。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉公司的违法行为。劳动监察部门有权对公司进行调查，并责令其改正违法行为、补发工资等。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能满足您的需求，您还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。通过法律途径来维护自己的合法权益。
额外提醒：
- 在处理此类纠纷时，建议您保留好所有与工资支付相关的证据（如工资条、银行转账记录、公司通知等），以便在需要时提供证明。
- 如果您对法律程序不熟悉或担心自己的权益得不到充分保障，可以考虑寻求专业律师的帮助。作为专注于劳动纠纷领域的律师，我可以为您提供专业的法律咨询和代理服务。
总结：公司无故克扣工资是违法的，您有权要求补发工资并可能获得额外的经济补偿。在处理此类纠纷时，建议您先与公司协商、再向劳动监察部门投诉、最后考虑申请劳动仲裁或提起诉讼。如有需要，请随时向我咨询。