拒不支付劳动报酬罪由公安机关进行认定，并由检察机关提起公诉，最终由法院进行判决。以下是对该问题的详细解析：
一、认定流程
公安机关立案侦查：
- 当存在拒不支付劳动报酬的犯罪行为时，劳动者或相关人员可以向公安机关报案。
- 公安机关在接到报案后，会进行初步调查，确认是否存在犯罪事实。
- 若确认存在犯罪事实，且符合立案条件，公安机关会立案侦查，收集相关证据，包括劳动合同、工资支付记录、劳动行政部门的责令支付文书等。
检察机关审查起诉：
- 公安机关侦查终结后，会将案件移送检察机关审查起诉。
- 检察机关会对案件进行全面审查，包括犯罪事实是否清楚、证据是否确实充分、犯罪嫌疑人是否构成犯罪等。
- 若检察机关认为犯罪嫌疑人构成拒不支付劳动报酬罪，会向法院提起公诉。
法院审判：
- 法院在接到检察机关的公诉后，会依法进行审判。
- 法院会综合考虑案件的具体情况，包括犯罪嫌疑人的行为、数额、情节等，以及相关法律法规的规定，进行定罪量刑。
二、认定标准
在认定拒不支付劳动报酬罪时，需综合考虑以下因素：
行为方式：
- 犯罪嫌疑人是否以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬。
- 犯罪嫌疑人是否有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬。
数额标准：
- 拒不支付一名劳动者三个月以上的劳动报酬且数额在五千元至二万元以上的。
- 拒不支付十名以上劳动者的劳动报酬且数额累计在三万元至十万元以上的。
- 具体数额标准可能因地区经济社会发展状况而异，由各省、自治区、直辖市高级人民法院研究确定并报最高人民法院备案。
程序要件：
- 经政府有关部门（如劳动行政部门）责令支付仍不支付。这是认定该罪的重要程序条件。
- 责令支付需以正式方式进行，如限期整改指令书、行政处理决定书等文书。若犯罪嫌疑人逃匿，有关部门在其住所地、生产经营场所等地张贴责令支付文书，并拍照、录像记录的，也视为“经政府有关部门责令支付”。
主观方面：
- 犯罪嫌疑人是否明知自己的行为会导致劳动者无法获得劳动报酬，仍然希望或者放任这种结果的发生。这包括明确表示拒不支付劳动报酬，或者虽表示会支付但主动找借口不支付等情况。
三、法律后果
若犯罪嫌疑人被认定构成拒不支付劳动报酬罪，将面临以下法律后果：
自然人：
- 处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
- 若造成严重后果，如造成劳动者的人身、家庭安全、生活严重伤害或在社会上造成极为恶劣的影响，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
单位：
- 对单位判处罚金。
- 对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照关于自然人犯拒不支付劳动报酬罪的规定处罚。直接负责的主管人员通常是在单位中对支付劳动报酬事宜有决策权、指挥权的管理人员；其他直接责任人员是积极实施拒不支付行为的人员。
四、建议与提醒
劳动者：
- 在遇到拒不支付劳动报酬的情况时，应及时向劳动行政部门投诉，并保留好相关证据，如劳动合同、工资支付记录等。
- 若劳动行政部门责令支付后仍不支付，可向公安机关报案，维护自己的合法权益。
用人单位：
- 应严格遵守法律法规，按时足额支付劳动者的劳动报酬。
- 若因经营困难等原因无法按时支付，应及时与劳动者协商，并寻求解决方案，避免构成拒不支付劳动报酬罪。
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