结论：若公司未按综合工时制执行，且未获得相关审批，将面临法律处罚、经济赔偿及声誉损失等风险。针对此情况，你可以从法律维权、与公司协商、收集证据等角度采取措施。以下是对此问题的详细分析：
一、公司未申请综合工时制却擅自执行的法律问题
违反法律法规：
- 公司未经劳动行政部门审批擅自实行综合工时制，违反了《劳动法》及《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》等相关规定。
- 劳动行政部门有权对公司进行查处，并可能责令改正及处以罚款等行政处罚。
加班费支付风险：
- 在未获得综合工时制审批的情况下，公司若按此制度计算员工的工作时间和加班工资，将被视为不合法。
- 一旦产生劳动纠纷，司法机关通常会按照标准工时制来认定员工的工作时间和加班情况，这可能导致公司需要支付更高的加班工资。
员工权益受损与纠纷：
- 你可能因工作时间过长、加班工资计算不合理等问题与公司产生纠纷。
- 你可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，这不仅影响公司的正常经营秩序，还会对公司声誉造成负面影响。
二、你可以采取的措施
与公司协商：
- 首先，你可以尝试与公司进行沟通，了解公司为何未按综合工时制执行，并表达你的关切和诉求。
- 如果公司愿意改正并补办审批手续，你可以与公司协商具体的解决方案，如加班工资的补发等。
收集证据：
- 在与公司协商的同时，你应收集相关证据，如工作记录、加班通知、工资条等，以证明公司未按综合工时制执行的事实。
- 这些证据将在后续的劳动仲裁或诉讼中起到关键作用。
向劳动监察部门投诉：
- 如果公司拒绝改正或无法达成一致意见，你可以向当地的劳动监察部门投诉。
- 劳动监察部门将对公司进行调查，并根据调查结果对公司进行相应的处罚。
申请劳动仲裁：
- 如果投诉后问题仍未得到解决，你可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 在仲裁过程中，你需要提交相关证据来证明公司的违法行为，并请求仲裁委员会裁决公司支付加班工资、经济补偿等。
三、公司应采取的措施
立即停止违法行为：
- 公司应立刻停止未经审批的综合工时制执行，恢复到标准工时制或已经审批的其他工时制度，以避免进一步的法律风险。
尽快补办审批手续：
- 公司应向当地劳动行政部门提交综合工时制的申请材料，包括营业执照副本、申请书（明确说明申请实行综合工时制的工种或岗位、申请期限等内容）、员工代表大会或工会的意见等。
- 具体要求可能因地区而异，公司应先咨询当地劳动部门了解详细的办理流程和所需材料清单。
与员工沟通协商：
- 公司应与受影响的员工进行充分沟通，解释情况并寻求他们的理解和支持。
- 如果因之前工时计算方式导致员工加班工资等权益受到影响，公司应与员工协商合理的补偿方案，以避免矛盾激化引发劳动纠纷。
四、法律后果与责任承担
行政处罚：
- 公司可能因未经审批擅自实行综合工时制而受到劳动行政部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
经济赔偿：
- 如果因公司违法行为导致员工加班工资等权益受损，公司应依法承担经济赔偿责任。
声誉损失：
- 公司的违法行为还可能对其声誉造成负面影响，影响公司的正常经营和发展。
建议：作为员工，你应密切关注自己的权益保护情况，及时与公司沟通并收集相关证据。如果公司拒绝改正或无法达成一致意见，你可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。同时，公司也应加强内部管理，确保所有工时制度的执行都符合法律法规的要求。如果你在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。