在三方合同的情况下，离职证明一般应由实际工作的所在公司出具，而非挂靠单位。以下是对此问题的详细分析：
一、三方合同的基本性质
三方合同通常涉及三个主体：劳动者、实际用人单位（即所在公司）和挂靠单位（可能是劳务派遣单位、人力资源服务公司等）。在这种合同关系中，劳动者与实际用人单位之间存在事实上的劳动关系，而挂靠单位可能仅作为名义上的雇主或中间方，负责某些行政事务或法律手续。
二、离职证明的法律要求
离职证明是劳动者与用人单位解除或终止劳动关系后，由用人单位出具的一种证明文件。它通常包含劳动者的基本信息、工作期限、工作岗位、工作表现以及解除或终止劳动关系的原因等内容。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
三、三方合同中离职证明的出具主体
实际工作关系：在三方合同中，劳动者与实际用人单位之间存在直接的工作关系。劳动者为实际用人单位提供劳动，接受其管理，并从其处获得劳动报酬。因此，从实际工作关系的角度来看，离职证明应由实际用人单位出具。
法律责任：如果挂靠单位出具离职证明，而实际上劳动者并未与其建立劳动关系，这可能导致法律上的混淆和纠纷。例如，如果劳动者在离职后申请失业保险金或寻求新的就业机会，挂靠单位出具的离职证明可能无法被相关部门或潜在雇主认可。
实际操作：在实际操作中，为了保障劳动者的权益和避免不必要的纠纷，通常建议由实际用人单位出具离职证明。如果挂靠单位确实需要参与某些行政事务或法律手续，可以在离职证明中注明其作为中间方或名义雇主的角色，但不应作为主要的出具主体。
四、特殊情况下的处理
当然，也存在一些特殊情况，如劳务派遣等。在劳务派遣关系中，劳动者与劳务派遣单位签订劳动合同，并被派遣到实际用工单位工作。在这种情况下，离职证明可能由劳务派遣单位出具，但应明确注明劳动者的实际工作单位和派遣期限等信息。然而，这并不改变劳动者与实际用工单位之间存在事实劳动关系的基本事实。
五、建议与注意事项
明确合同条款：在签订三方合同时，应明确约定离职证明的出具主体和方式等条款，以避免后续纠纷。
保留证据：劳动者在离职时，应妥善保留与用人单位之间的相关证据，如劳动合同、工资单、工作证等，以便在需要时证明自己的劳动关系和离职事实。
及时咨询：如果劳动者对离职证明的出具主体或内容有疑问或争议，应及时咨询专业律师或相关劳动部门，以维护自己的合法权益。
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