结论：员工删除店铺发布内容是否违法需分情况讨论，具体处理方式需结合行为性质、后果及法律规定综合判断。以下分情况说明：

1. 若员工删除的是合法合规的店铺内容

• 行为性质：若员工未经授权擅自删除店铺正常经营内容（如商品信息、宣传文案等），可能构成违约或侵权，具体取决于其岗位职责和授权范围。
  • 若员工行为违反公司规章制度或劳动合同约定（如“未经许可不得修改店铺内容”），公司可依据内部规定追究其责任（如警告、扣薪、解除合同）。
  • 若员工行为导致公司经济损失（如客户流失、交易中断），公司可要求员工赔偿实际损失（需举证因果关系）。
• 处理建议：
  1. 立即固定证据（如操作记录、内容截图、损失证明）；
  2. 依据公司制度进行内部处分，并要求员工书面说明情况；
  3. 若损失较大，可协商赔偿或通过劳动仲裁/诉讼追责。

2. 若员工删除的是违法违规的店铺内容

• 行为性质：若店铺发布的内容本身违法（如虚假宣传、侵权商品、违禁品信息等），员工删除行为可能涉及合法自救或举报义务，需分情况讨论：
  • 员工有义务删除：若员工是店铺管理者或内容审核人员，发现违法内容后未删除，可能因未履行法定义务（如《电子商务法》要求平台经营者删除违法信息）被追究责任；此时主动删除是合法行为。
  • 员工无义务但主动删除：若员工无明确职责要求，但出于避免法律风险的目的删除违法内容，通常不构成违法，反而可能被视为“阻止违法行为扩大”的合理行为。
  • 员工与店铺共谋违法：若员工参与制作或明知内容违法仍协助发布，后续删除可能是“毁灭证据”，此时员工可能与店铺共同承担法律责任（如行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任）。
• 处理建议：
  1. 立即停止店铺违法经营行为，全面自查并删除其他违法内容；
  2. 若员工是举报人或善意删除者，公司应保护其权益，避免打击报复；
  3. 若员工涉嫌共谋违法，公司应主动向监管部门说明情况，争取从轻处理，并追究员工法律责任。

3. 若员工删除行为涉及数据安全或商业秘密

• 行为性质：若员工删除的内容包含公司商业秘密（如客户名单、交易数据）或涉及数据安全（如篡改系统数据），可能构成侵犯商业秘密罪或破坏计算机信息系统罪（视情节严重性）。
• 处理建议：
  1. 立即报警并固定电子证据（如操作日志、IP地址）；
  2. 委托技术机构恢复被删除数据，评估损失；
  3. 依据《刑法》或《反不正当竞争法》追究员工刑事/民事责任。

总结：员工删除店铺内容是否违法，需结合内容合法性、员工职责、行为后果综合判断。公司应优先通过内部制度规范员工行为，若涉及违法或重大损失，及时通过法律途径维权。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据为您分析法律风险及应对方案。